土地房屋是农民安身立命之本，在征用土地时，应当最大程度地保护村民的合法权益。
(一)适用法律不统一。经过多年的实践，城市国有土地上的房屋拆迁已经形成了一套较为完整的法律法规作为依据，并在实践中取得较好的效果。但对于征用集体土地的拆迁，尚没有一套完整的操作程序，仅在《物权法》、《土地管理法》等法律中，对征地手续方面的问题作了一些规定。如《物权法》规定：“为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征用集体所有的土地和单位、个人的房屋及其他不动产。”《土地管理法》第二条规定：“国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或征用并给予补偿。”这些原则性的规定，使得各地的土地行政主管部门在实施集体土地房屋拆迁的具体工作时，既缺乏完整的法律法规依据，也没有具体的操作办法，不利于保护村民的合法权益。由于上述原因，导致现实中有些政府主管部门在实施拆迁过程中，程序意识不强;有的地方参照《城市房屋拆迁管理条例》进行操作，但是城市国有土地上的房屋和农村集体土地上的房屋在所有权性质、所有权主体、拆迁主体、补偿安置方式等方面均不同，因此,《城市房屋拆迁管理条例》并不具有直接的参照性。
(二)征地拆迁程序不合理。现行的征地拆迁程序：有关部门办理征用集体土地手续后，将征用的土地出让给开发商。由于出让给开发商的仅是土地，所以必须进行征用土地上的房屋拆迁;于是组成一个由各部门组成的临时拆迁机构，负责征用土地上的房屋拆迁。在整个拆迁过程中，从房屋面积的认定，到补偿费的确定和拆迁安置方式的选择，基本都是由有关部门或用地单位决定，被拆迁人往往处于被动接受的不平等地位，知情权、参与权得不到保障。如果被拆迁人对拆迁有异议，提出裁决申请，有关部门也往往不予受理。如果在规定的时间内，被拆迁人不主动搬迁，就会被强制拆迁。显然，这种拆迁补偿程序对被拆迁人很不利，直接侵害了被拆迁人的合法利益，容易引发拆迁单位与被拆迁人之间的矛盾。
(三)拆迁补偿标准不统一。目前，由于征用集体土地只能适用《土地管理法》的相关规定，而《土地管理法》第四十七条第二、三款对土地征用的补偿费、安置补助费只作了原则性的规定，并没有对村民宅基地上自建房屋进行补偿的规定;该法第四款同时规定：“被征用土地上的附着物和青苗费的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。”在各省所颁布的《土地管理法》实施办法中，对房屋拆迁也没有单独列出。因此，在实践中，补偿标准不统一，大多由有关部门直接定价，不进行房屋市场评估，这就造成行政管理混乱，形成多方面的不一致：即一个建设项目中，国有土地上的被拆迁户和集体土地上的被拆迁户补偿标准不一致;同一时期同一城市不同辖区的集体土地房屋补偿标准不一致。例如我市历城区韩仓村征地拆迁时的补偿标准较高，而历下区盛福片区的拆迁补偿标准较低(楼房每平方米350元，平房每平方米250元)。在信息发达的时代，这种不统一的做法容易引发被拆迁户的不满，造成许多纠纷，影响拆迁工作。
