电子病历是医疗信息化建设的重中之重，在过去几年的建设中，虽然取得了一定的成效，但在进一步推进过程中，还存在许多有待突破的问题。
当前，国外对电子病历还未形成统一的定义，EMR、EPR、HER等不同术语代表了特定的涵义。在国内，人们对于电子病历的认识逐渐统一到HER上来，但对“电子病历”一词，在理解上仍有较大的差异。
这种差异很大程度上来源于人们对纸张病历电子化的“演绎”，主要表现在对电子病历内容和功能两方面的认识不同。相当一部分人把医生通过计算机记录病历视作电子病历，认为只要实现了医生录入病历就实现了电子病历;也有些人把纸张病历实物扫描称作电子病历等。
对电子病历概念理解的片面性，导致了医疗机构在病人信息集成、智能化服务功能以及一些基础性问题上重视不够，影响了电子病历沿着正确的路径发展。
事实上，电子病历的应用必然会改变原有的医疗业务流程和工作模式，也必然会与原有的管理制度不一致，这就需要新的医疗规范制度相配套。如：电子病历的记录规范、管理规范、信息安全性规范、电子病历的法律认可等。同时，为了保证医疗安全，对电子病历系统本身也需要通过功能规范进行约束。
当前的情况是，技术手段改变了，而原有的规范制度没有改变，这种管理规范的滞后在相当程度上制约了电子病历的发展。以卫生部发布的《病历书写基本规范》为例，病历应当以蓝黑墨水钢笔书写。仅这一条，一些地方在处理医疗纠纷过程中就对计算机打印病历的合法性提出了质疑，这也导致许多地方对应用医生工作站心存疑虑。一些地方为了与上述规定配合，已经应用医生工作站进行医嘱录入的医院不得不规定在计算机录入之外，医生仍然要再手工开立医嘱。
由于对电子病历系统本身缺乏规范，致使一些不恰当的功能处理可能会给医疗安全带来隐患，而电子病历的应用也对病人信息的保护提出了新的挑战。
在微观层面，医疗机构内部在医疗管理上同样缺乏和电子病历的有力配合。如：适合电子化记录方式的医疗文档格式可能与手工记录格式不同，管理制度不作调整而一味地要求向原有文档格式看齐会限制电子病历优势的发挥。
电子病历的安全性主要指病历信息的原始性保护和病人信息的隐私保护两方面的问题。由于病历信息的数字化和病历传递的网络化，人们可以更方便地获取和修改病历内容，病历安全性的问题也就更加突出，需要以科学的态度从技术上、管理上进行仔细研究和处理。而当前，电子病历安全性问题存在两种倾向：
一是对安全性问题重视不足。表现为：在技术手段尚不具备的条件下，过早地取消纸张记录和手工签名，影响到医疗记录的原始性，甚至是医疗本身的安全性;对患者的隐私保护不够，对网上的病历访问控制不严，信息使用缺乏追踪。
二是以安全性为由否定电子病历的应用。典型的理由是：电子病历能够被篡改，与原有的管理法规不一致，打官司时不具备法律效力。由此阻止各类电子病历系统的应用，推卸了管理上的责任，也屏蔽了电子病历在医疗过程中的巨大作用。
应当看到，在技术手段保证安全性尚不完备的条件下，通过把电子化内容打印出纸张并手工签字的做法很好地解决了现阶段电子病历与纸张病历的接轨问题，是相当长一段时间的发展模式。
如果把视角转向具体的技术层面，电子病历目前依然有其值得注意的问题。
病人的惟一ID就是目前医疗机构还没解决的问题。医院的信息化建设注重了业务过程的信息化，而对于病人本身的惟一标识重视不够。一些医院并没有建立病人的标识手段，而是病人每次就诊时分配一个ID号，病人历次的就诊记录无法关联;或者病人有标识手段，但对一人多号的情况控制不严。病人惟一标识看似是个小问题，却是电子病历应用发展的基础。要实现电子病历，必须要在共享区域范围内建立病人惟一ID开始。
另外，电子病历系统还存在集成、存储、展现、辅助临床决策、信息安全等基础性问题。大部分只注重临床业务功能的开发，而对这些基础性问题研究不够，更缺乏对这些问题的解决方案。电子病历基础框架的研究与制定影响到电子病历的发展方向与成败，但因其所需资源巨大，有关主管部门应当承担起更多、更大的责任。在电子病历应用与实施的研究与开发上，我国还没有出现百花齐放的局面，这与国外有着较大距离。
