对于大型医院而言,部署EMR系统可能会花费上百万美元。例如,St. Elizabeth Healthcare位于肯塔基州北部,包含6个医院,共1000名医生,为了实现EMR花费了4000万美元。具体到各个科室,相当于每个医生花费了2.5万~6万美元来部署这个系统。当然也有一些更便宜的选择,如沃尔玛在出售的eClinicalWorks EMR系统加上其旗下Sam's Club卖场出售的戴尔电脑。后者采用SaaS(软件即是服务)模式。但必须说明的是,这样其实购买到的仅仅是EMR必需的硬件和软件,而并没有包括咨询、培训、附加软件及其他相关费用。
致力于帮助马萨诸塞州医疗机构部署其EMR系统的电子医疗联盟CEO Micky Tripathi表示,医疗机构应该有5000~10000美元的预算聘请一位咨询师来管理EMR部署的项目。而Beth Israel Deaconess医疗中心和医生组织在EMR方面的项目主管Leanne Harvey表示,培训是另一个需要花费大量金钱的地方。目前在职的大部分医生和护士都需要进行EMR的培训,他们需要学习新的诊疗系统,并培养新的工作习惯。很多医疗机构也需要其他软件来满足EMR所不能覆盖的功能需求,例如某些专业诊所或者医院的某些科室需要建立血液银行。
此外,早期出现的一些小的差错,可能会扰乱财务流程,导致现金流的问题。这正是Hot Springs医疗项目所遇到的问题。它是面积为457平方英里的北卡罗来纳州Madison郡惟一的医疗卫生机构。当Hot Springs于2006年5月开始使用其EMR系统时,编码问题就困扰了他们大概一年时间,让他们无法给病人发送账单。其常务董事Robert Ford说,系统不断地退还保险公司和其他支付者的请求,也无法收取一些病人支付的费用,这导致我们出现了严重的现金流问题。“我们至今依然处于恢复阶段,”Ford说,“我们大概只能收取病人支付费用的十分之一。”
如果开始遇到的问题不解决,很可能会严重影响医生和护士们的工作效率。Ford认为,加上损失的工作量、培训成本及解决各种无法预料问题的费用,医疗机构应该在EMR系统的成本上再加上50%。