1、不履行协议的一方应当承担的民事责任具有扩大化趋势。由于法院将民事案件调解率作为考核法官的办案社会效果指标之一，导致法官在民事案件调解中想方设法促使原、被告达成调解协议，一般都是动员权利人作让步。而权利人为了顺利实现其利益，以求义务人自觉履行，免得再向法院申请执行，浪费人力财力，也愿意作一些让步。而义务人为求得事情了结，减少损失，在权利人作出让步的情况下，也愿意接受调解。而权利人为了防止义务人到时不履行调解协议，往往提出一些过高的条件，审判人员为了结案，往往加大对义务人的调解力度，使义务人违心接受条件。如一件离婚案件中，原告为了达到离婚的目的，约定共同财产住房一幢归原告所有，原告补贴被告35万元，分三期给付；如原告不按期给付，则住房作价10万元归被告，原告所应付给被告的35万元仍应继续履行。此案中，原告违约的成本显然过大，而被告则因原告违约获得巨额利益。
2、义务人不完全履行调解协议而致权利人申请强制执行的案件增多，附条件调解产生了新的矛盾，变成案结事未了。由于调解协议中约定义务人不按时履行债务的，应当承担一定的民事责任。而义务人不按时履行债务存在多种情形，如有的义务人及时履行了大部分的债务，仅有小部分债务未按时履行；有的义务人仅迟延履行了几天。而权利人则据此凭调解书以约定条件成就为由，申请法院强制执行。而义务人对此往往不能理解，认为原告故意刁难，双方容易产生新的矛盾。如一起交通事故案件中，原告起诉要求被告赔偿7000元，调解书中约定被告于2007年4月30日前给付原告7000元，如不按期给付，原告可以按20000元申请强制执行。后被告因故未能在2007年4月30日前给付，但次日即五一长假，法院放假7天，被告于5月7日送钱至法院，但无人办公。原告于休假后第一天即5月8日申请法院强制执行20000元。
3、附条件调解协议约定的条款表述不规范，容易使人产生误解。目前，法院在附条件调解协议中的表述有以下几种情况：
第一种是被告违约则承担违约金型。如一起交通事故案件中约定被告赔偿原告因交通事故造成的损失：医疗费、住院伙食补助费、营养费、护理费、误工费、交通费、鉴定费、残疾赔偿金、精神抚慰金、被扶养人生活费合计14100元，扣除被告已给付的4000元，尚需赔偿原告10100元，于2007年6月15日前一次性给付，如到期不给，原告即有权再按15000元申请执行；
第二种是被告违约则原告不放弃型。如被告实际欠原告12000元，但双方约定被告于某月某日前偿还原告1万元，如按期不还，则原告有权按12000元申请法院强制执行；
第三种是被告违约则提前履行型。如约定被告于某月某日前偿还原告1万元，于某月某日前偿还原告2万元，于某月某日前偿还原告1万元，如被告有任何一期不按期履行，则原告可以按总额申请法院执行。
第一种，约定原告即有权再按15000元申请执行，那么被告已部分履行的，原告是否可以仍按15000元申请执行？按条文的意思似乎是不论被告履行了多少，原告都可以按15000元申请执行；第二种，申请强制执行是当事人一项应有的权利，不应当成为调解协议中约定的内容；第三种，如被告履行了第一期，第二期未履行，原告申请执行是3万元还是4万元？在条款中难以确定。
1、法院对当事人约定的不履行协议的一方应当承担的民事责任应当进行必要的审查，将当事人约定的不履行协议的一方应当承担的民事责任限制在当事人的诉讼请求范围内，且不应当具有惩罚性。虽然最高人民法院司法解释未对当事人在调解协议中约定的民事责任进行限制，但公平合理乃是民法的一项基本原则。《民法通则》规定，显失公平的调解协议可以申请法院撤销，而民事调解书是经法院确认的调解协议，一经法院确认后即不可以以显失公平为由申请法院撤销。因此，从调解协议的内容所应当遵循的公平合理的原则来看，法院对当事人达成的附条件调解协议进行一定的审查，也是必要的。
2、加强对义务人的释明。法院应当对义务人不完全履行义务的后果进行释明，使其充分了解不全部、及时履行义务的法律后果，促使其主动履行义务，使案结事能了，减少申请执行案件数量，避免产生新的矛盾。
3、规范附条件调解协议条款的表述。附条件调解协议的内容应当用词严谨，具有确定性、可执行性。
