显然，问题的核心并不出在仲裁本身，而是产生于国有资产的管理之上。现行国有资产的管理制度在理论上来源于国库理论。当国家考虑自己的资产在市场交易中吃亏了的时候，这就将国有公产变成了国有私产，违背了现代政府和公共财产管理的基本原则。政府持有国有资产的目的，和政府管理社会、进行规制、经济管理的目的是根本上一致的，都要以社会效率和社会正义为目标，而不是政府的岁入最大化。国家的合法性就是在于多大程度上和最大多数人民的利益保持一致，而不是强调政府自身的利益。公共利益才是政府管理经济和持有资产的真正的目标和标准。这样，衡量其他组织对国有资产的管理责任就不能简单地采用“保值增值”的目的，而是是否“推进国有资产合理流动和优化配置，推动国有经济布局和结构的调整；保持和提高关系国民经济命脉和国家安全领域国有经济的控制力和竞争力，提高国有经济的整体素质”。
如果按照政治理论而不是民事理论来重新认识政府职能，国有资产就不是一个固定的、静态的、僵化的和单一的概念，而是根据公共服务、公共权力行使和行政管理、公共产品的提供等目标而采取不同的机制。判断国有资产是否合理使用，是否流失，是否使用不当的标准不是价值的损失或所有权的移转，而是应当根据是否履行好了政府职能和社会公共服务职能。政府既可以通过办警察局免费提供治安服务，也可以通过“火炬计划”、“种子基金”、“转移支付”、“财政补贴”等诸多“金钱不对等”行为来实施特殊产业政策，还可以基于社会公平目标实现无偿保障最低生活标准，同样也可以通过罚金等手段无偿取得金钱。这些并不需要取决于判断该国有资产究竟是行政性的还是民事性的，更不需要考虑“国有资产的流失”。
在这种背景下，仲裁机构的国有资产问题就可以得到合理的解释和理解。仲裁机构作为一个独立的社会团体法人，依照法律尤其是特别法(仲裁法)成立，理论上尽管其初始资产来自于国家，但在运营中应当通过其向社会提供的仲裁服务收取费用。既然是一个公益的社团法人，在其缺乏权威，服务质量低下而不能维持的时候，也就产生解散或破产的可能。在这一意义上，国家投入的资产不过是类似于股权对公司的出资，但社团法人和仲裁法规定的独立性，则意味着并不产生国家的股权。如果仲裁机构的财产并不来源于国家，而是类似其他国家一样，由会员投资或者商会投资，与投资来源于何处并无区别。
在现实生活中，由于仲裁机构在初期常常得到政府的扶持，比如可能会产生政府的拨款，或者贷款，如果初始出资已经明确，则这种拨款并不能视为产生对资产的剩余索取权或者产生控制权的依据。政府出于公益的目标，或者特定的政策目标，会采用多种方式扶持特定的组织，比如对中小企业减税等等，这并不能如现行的国有资产产权界定方法一样，被视为会产生国有股权的依据。如果属于贷款等有偿方式，则产生合同上的权益和义务。同样，所谓的“国有资产管理保值增值”的激励原则，并不能适用于仲裁机构。
仲裁机构常常会形成盈利和积累，这会产生两个问题：第一，这种盈利的剩余索取权问题；第二，是否需要缴纳税收。仲裁积累的产生，是一个以仲裁员裁判收费和管理人员提供服务的人力资本为核心的多种资产组合起来的价值增值过程，也包括国有资产的初始投入，通过规制政策设定的收费标准等等。但作为独立的公益的社团法人，并不应当适用国有企业的经营性国有资产的规则，即产生国家的剩余索取权，并不能由此进行分配，除非发生解散或破产。换言之，对这种公益社团法人的剩余，出资者只有破产之后的剩余索取权，而不存在着日常盈余积累的剩余索取权。在现实生活中，有些仲裁机构需要缴纳税收，包括营业税和所得税，这是值得推敲的。这和我国的税收政策以及缺乏财团法人制度等紧密相关。
由于并不产生股权，因此并不产生基于所有者或所有权而发生的审查、审计或者监督。作为公益的社会团体法人，并且不属于行政性国有资产的范畴，理论上也不应当产生政府内部审计(尽管现实生活中常常如此操作)。那么，对仲裁机构的不当决策和资产处置行为如何规制呢？回答这一问题，我们仍然要回到财产和人格的关系之上。只要社团法人的主体存在，防止其中的私人将社团的财产转化为个人利益才是重点。法律设计的重点并不应当是要求出现一个类似“担保”的注册资本，并不是要求对资本事无巨细的审查，并不是要求公共池塘(commonpool)里面的水应该有多少，而是转而侧重于不让任何人不正当的、不合对价的从公共池塘里面舀水出去。防止不当的资产管理行为，更多地依赖于确立管理者对社团的诚信义务，通过利益攸关者之间的相互制衡来完成的。
因此，确立仲裁机构的决策人员对资产管理的诚信义务，通过仲裁机构内部治理机制的完善，民主的决策机制，内部相互制衡的机制设计，才是有效地防止内部不当行为产生的根本解决之道。如果仅仅依赖于财政主管部门或者审计部门按照行政模式的审计等，采用行政性国有资产的管理方法来评价仲裁机构对资产的处置，无非是将仲裁机构变成了成本更昂贵，效率更低下的“第二法院”而已。这才是对国有资产的浪费。
2007年3月，部分政协委员在全国政协会上提交《关于纠正将仲裁收费作为“行政事业性”收费错误》的提案，建议国务院“责令财政部、国家发展改革委、监察部、审计署四部门立即纠正将仲裁收费作为“行政事业性收费”、进行“收支两条线”预算管理的错误，严格执行仲裁法和政府入世承诺，对仲裁收费适用《中介服务收费管理办法》，挽救面临严重威胁的中国仲裁事业”。财政部回函表示：“委员们反映的问题”已经引起财政部及相关部门的“高度重视”，“相当一部分仲裁机构仍作为事业单位管理，不仅影响了仲裁机构独立开展仲裁工作，而且不利于与国际惯例接轨”，并承诺“将积极配合有关部门，在深入调查研究基础上按照国际惯例和我国入世谈判的承诺对现行仲裁机构的设置及财务管理体制等问题进行认真的研究，充分考虑委员们的建议和意见”。
由于该问题未予解决，人大代表梁慧星教授在2008年3月全国人大会议上提交了《关于开展<仲裁法>执法检查纠正商事仲裁行政化错误倾向的建议》，再次要求解决仲裁收费“收支两条线”问题，建议“由法律委员会成立有相关部门、仲裁机构、相关商会和仲裁法专家参加的仲裁法执法检查组，对全国仲裁法执行情况进行检查”。全国人大常委会办公厅回函答复：“建议中反映的当前我国商事仲裁中的一些突出问题，我们将在相关工作中认真研究”，“在制定2009年的监督工作计划时积极考虑您的建议”。
