明确鉴定的性质，关系到谁来启动鉴定活动、鉴定人如何产生、鉴定结论如何采信等一系列重要的问题。而在我国的相关法律中，并没有对鉴定的性质作出科学统一的界定，鉴定性质的模糊导致立法及司法中许多具体问题的不顺畅，所以，明确鉴定的性质及位置，是建构鉴定的基础问题。
在刑事诉讼法中，鉴定置于“侦查”一章中，被定位于“侦查行为”或“侦查活动”。几乎所有的刑事诉讼法学教材都认为鉴定是“侦查机关为了查明案情，指派或聘请具有专门知识的鉴定人，就案件中某些专门性问题进行分析研究和科学鉴别并作出鉴定结论的一种侦查行为。”但笔者认为鉴定是否具备侦查的属性，值得商榷。
首先，侦查的主要特征是主体的特定性，这些特定的侦查主体是由最高权力机关明确授权的公安机关、人民检察院、国家安全机关、军队保卫部门及监狱。侦查权作为一项专门职权，非由法律明确规定的享有侦查权的部门行使，任何单位、组织和个人无权行使。而刑事诉讼中的鉴定，大多是由非侦查机关或非侦查人员的鉴定机构或鉴定人进行的。虽然他们介入诉讼的途径是接受了侦查机关的聘请，但其身份不会因被聘请而成为侦查人员。需要注意的是，在各侦查部门内部，一般都设有技术人员从事法医鉴定、痕迹分析等活动。这些技术人员可以被看做是侦查人员，但根据回避的规定，侦查人员和作为诉讼参与人的鉴定人员是不能兼容的两种角色。目前，“自侦自鉴”的体制受到很多学者的质疑。所以，鉴定的主体本质上并不具备侦查的主体资格。
其次，侦查活动的开展是有严格的阶段限制的 ——立案后、审判之前，即刑事案件只有成立后方可展开侦查活动，如此一来，如果把立案前的鉴定活动和法庭审理过程中进行的鉴定或者重新鉴定叫做侦查活动，显然是很荒谬的。由此可见，我国刑事诉讼法对鉴定性质的定位是不准确的，正是因为这种不准确，导致鉴定在回避制度中、在侦查活动中、在审判活动中相关制度设置得不顺畅甚至混乱。
对于鉴定，我们关键要掌握两点：一是鉴定不是解决法律问题，而是解决技术性问题的科学活动。二是鉴定是由鉴定人独立完成的一种诉讼活动。只有在设置了上述两个前提之下，才有可能建立科学的鉴定启动机制。
我国刑事诉讼中，鉴定的启动绝大部分由侦查机关来进行，因此绝大部分的专门问题在这个阶段就得到了解答。但这并未排斥人民检察院的鉴定权和人民法院的鉴定权，与此同时，被告人及其辩护人一方则无权启动鉴定活动，他们只有在审判阶段，才可以申请法庭就某一专门性问题进行补充鉴定或者重新鉴定，而决定权还在于法院。
英美法系国家和大陆法系国家，因诉讼价值观念上的差异，在当事人的诉讼地位和鉴定人的性质方面有很大区别，致使鉴定程序的启动也完全不同。英美法系国家把鉴定人界定为证人，同时在英美法系对抗制诉讼模式下，证据的提出、事实的发现和程序的推进都由控辩双方负责，因此，决定是否实施鉴定以及由谁来进行鉴定，也属当事人的权限。在刑事诉讼程序中，控辩双方在启动鉴定程序方面的权限是平等的。而在大陆法系国家，鉴定人被认为是法官的辅助人，整个诉讼活动，包括侦查起诉都被认为是为法官发现事实而服务的，因此，是否需要进行鉴定以及由谁来实施鉴定，当然由法官来决定。如法国刑事诉讼法典第１５６条规定：“在案件中遇有技术问题的情况下，任何预审法庭或审判法庭，或者应检察院要求，或者依职权，或者应当事人请求，可命令进行鉴定。”
我国的鉴定启动程序与英美法系国家和大陆法系国家相比较，既有相同之处，又有显著区别：一方面，我国的侦查机关、起诉机关和审判机关均有权启动刑事鉴定程序，但犯罪嫌疑人、被告人一方却无此权利。另一方面，刑事鉴定的启动由国家专门机关来进行，却又并不专属于某一机关。
司法实践中，这种鉴定程序启动制度存在诸多弊端：第一，控辩双方权力分配过于失衡，有失程序公正。我国的侦控机关是实现国家追诉犯罪职能的权力机关，在侦查中享有独立的、几乎不受其他机关制约的侦查权和适用强制措施权。在这个不公开的阶段，犯罪嫌疑人及其律师的权利十分有限并受到严格的限制。在此大前提下，犯罪嫌疑人有关鉴定的权利当然也受到严格限制，仅有被用做定案依据的鉴定结论的告知权。即使是在审查起诉阶段和审判阶段，犯罪嫌疑人、被告人也不像大陆法系国家那样有申请鉴定的权利，仅仅在对初次鉴定有异议时“申请补充鉴定或重新鉴定的权利”。从这个角度看，犯罪嫌疑人、被告人对于启动鉴定程序几乎没有什么权利。第二，鉴定启动权集中于侦控一方，不利于全面客观地发现案件的事实真相。自侦自鉴的体制易使鉴定人员仅仅注意证明犯罪嫌疑人、被告人有罪、罪重的信息，而不是无罪证据。第三，侦、控、审三机关都有权独立决定委托鉴定人，因此重复鉴定十分普遍，不仅降低了诉讼效率，浪费了司法资源，而且损害了鉴定活动的科学性和司法活动的权威性。
鉴定是诉讼参与人之一的鉴定人运用自己的专业知识和技能解决案件中的专门性问题的诉讼活动，它当然可以由控辩双方来启动。结合《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定（草案）》的有关规定，笔者认为鉴定的启动程序应该设计为：
（一）保留侦查机关的鉴定启动权。我国当前的诉讼结构短期内不可能完全打破，侦查在诉讼中的重要地位也不可能一时改变。作为查明案情、查证其他证据、发现客观真实的重要手段之一——鉴定，因其在调查取证中占有极其重要的地位而不可取代。保留侦查机关的决定鉴定权，于及时、有效地调查取证是十分必要的。
（二）赋予犯罪嫌疑人、被告人对鉴定程序的独立启动权。犯罪嫌疑人尤其是被告人，作为控辩平衡对抗双方之一的当事人，在对方享有决定鉴定权的前提下，也应享有这一权利。这不仅仅是权利平衡的问题，也有助于法官兼听则明。
（三）为防止因控、辩双方均有权启动鉴定从而可能导致的鉴定倾向性，应当严格两项制度：
第一，建立统一的鉴定人资格认证制度，规范鉴定场所，完善鉴定人回避制度，强化对鉴定机构及鉴定人员的社会管理，建立严格的错案追究制度。
第二，完善对鉴定结论的严格审查制度包括鉴定人资格、专业水平审查、回避的审查、鉴定人出庭接受质证制度、聘请专家担任技术顾问监督鉴定人以协助法官判明真伪、建立专家听证论证制度等等。
