在环境侵权诉讼中，实行证明责任倒置制度是一个历史的过程，是随着社会的发展和案件审理经验的不断积累而逐步发展起来的，当然有其存在的价值。
(1)符合程序公正。在建立民事诉讼制度时，无论是整个诉讼程序的设计还是某项具体制度的构筑，都应竭力使之符合公正的要求，应当将证明责任置于有条件和能力证明的一方 。由于证明责任是一种败诉风险，负担证明责任的一方在诉讼中明显处于不利的地位，因此证明责任倒置使环境侵权诉讼中的原被告的证明责任大致均衡，有利于程序公正的实现。
(2)符合法律的公平正义的价值取向。证明责任的倒置明白无误的表征了法律向势单力薄的受害者倾斜，使他们有较多的机会获得救济。2001年12月，最高人民法院在其颁布的《关于民事诉讼证据的若干规定》第4条对侵权诉讼需要倒置证明责任的情形进行了扩充，由原来的6种增加为8种，针对的也是处于弱势地位的消费者、受害者。这些规定在很大程度上是为了保护受害人的合法权益，确保法律公平目标的实现。公平是法律的内在价值追求，证明责任倒置规则的设置同样须以公平原则为指导，在诉讼中均衡地保护当事人各方。
(3)有利于克服当事人之间的严重的信息不对称。由于受害人在经济能力、专业知识、检测手段等方面的限制，说明其与证据很远，证明困难甚至不能。如果在诉讼中仍要求其查找证据来证明自己的主张，并承担不能证明的风险，则无疑其精神和经济上的负担大大增加，即使胜诉也可能得不偿失，致使有些受害人不得不采取其他非法手段解决，扰乱了正常的社会秩序和司法秩序。而加害人却刚好相反，他们熟知生产工艺和流程，知道污染物的数量、种类及各种排放物的排放时间等，由于害怕承担责任，往往不愿拿出证据，甚至故意销毁证据，使诉讼难以为继 。另外，法院在某些情况下也可调查取证，也是同样体现了这一点。
