诉讼时效问题在股东代表诉讼制度研究中鲜有讨论，甚至有学者认为：“关于股东提起代表诉讼的诉讼时效期间……应当区分诉讼原因和诉讼请求的不同性质，分别适用 《民法通则》、《行政诉讼法》即特别法规定的诉讼时效期间，而不应叠床架屋，另搞一套……”对此提法，笔者有两点不同意见，首先是股东代表诉讼应该无涉 《行政诉讼法》，这个被告确认问题将另文论述;第二，股东代表诉讼应当有符合其诉讼特点的时效制度，这绝非叠床架屋。下面将论述一般民事诉讼时效制度 (一般诉讼时效、短期诉讼时效、最长期限诉讼时效、诉讼时效的中断等)不能直接适用于股东代表诉讼的原因。
诉讼时效，其制度目的主要有二。第一，催促权利人早日实现权利、稳定社会财产关系;第二，防止时间久远的权益纠纷浪费司法资源。鉴于此，我国的《民法通则》和特别法都规定有诉讼时效。不过，这些时效规则放到商法中的股东代表诉讼却是不妥当的。股东代表诉讼的特点一是原告股东并非受损利益之直接承受人，因此感知权利被侵犯的能力无法跟股东直接诉讼 (股东直接诉讼近乎一般的侵权诉讼)相比;代表诉讼的特点二：其关涉的是公司重大利益 (否则在实践中不大可能成为股东代表诉讼的诉讼标的内容)，此重大性使该利益成为公司运营质素构成部分，而公司运营质素又息息相关到公司与外部相对人交易的稳定性，这种与外部稳定相关联的程度是一般的民事侵权标的所不能比拟的。
基于诉讼时效的制度目的，上述两个股东代表诉讼的特点揭示了一对立法矛盾：
矛盾的一方：上述特点一笔者称之为感知时空间接性，这必然要求股东代表诉讼有一个比一般民事诉讼更长的诉讼时效，使得原告作为诉讼标的内容之间接权益受损人有足够的时间体察到公司的利益受损 (之所以原告需要更长的时间不仅因为其利益减损的相对间接性，还因为公司的特征性治理结构决定了股东个人与公司运营具体情况之间的时空距离，这种需要以感知和调查予以消除的时空距离是一般个人权利减损感知所不具有的)。
矛盾的另一方：上述特点二笔者称之为公司利益与经营质素说，这必然要求公司受损利益的尽快回复，过长的诉讼时效将不符合公司正常运营和与外部交易各方稳定和谐的公司制度原理。这样看来仿佛又需要一个更短的诉讼时效期间。
上述矛盾的两方都有其合理性，该如何解决呢?笔者认为，可以通过合理化时效制度体系来解决。具体方法是：延长适用《民法通则》上规定的一般诉讼时效2年至4年 或基于实证研究得出的其他更恰当的年数以符合股东代表诉讼的特点一;同时取消在股东代表诉讼运用诉讼时效中断制度以满足代表诉讼特点二。
