行政、民事争议重合案件诉至法院后，法院适用何种程序审理，我国现行法律没有规定，司法解释同样没有对此作出规定。诉讼实践中做法各异。有的法院将重合案件作民事案件处理，假定进入诉讼的行政行为合法。有的法院采取先行后民的做法，先由行政庭对行政争议作出判决，然后由民庭解决民事争议。如果当事人对重合案件先提起民事诉讼的，则先中止民事诉讼，等待当事人提起行政诉讼，行政问题解决后，再恢复民事诉讼。也有法院对重合案件作行政附带民事处理，即行政庭在审理行政争议时附带审理民事争议。还有法院对重合案件中的行政争议和民事争议分别处理，即由当事人分别提起行政诉讼和民事诉讼，法院分别审理和判决。
在理论界，对如何处理行政、民事争议重合案件有不同的看法。归纳起来，有三种观点：第一种观点主张建立行政附带民事制度。该观点认为行政附带民事有利于法院裁判的统一，有利于争议的实际解决。此外，行政附带民事符合诉讼经济原则，既可以避免当事人时间、精力和金钱的不必要的浪费，又有利于法院内部的合理分工和充分利用法院的资源。第二种观点主张确立先行后民的原则。即像现实中的做法那样，先解决行政争议，然后再解决民事争议。该观点认为先行后民是行政权优先原则在诉讼领域的体现。先行后民有利于重合案件的实际解决，也与法院内部的分工相一致。第三种观点主张确立司法最终原则。即将行政机关对民事争议的处理视为“初审”，对初审不服，当事人可以提起民事诉讼，由法院作最终裁决。该种观点认为案件的性质不因处理机关的性质而改变。民事争议虽有行政权的介入，但不妨碍将其作民事案件处理。确立司法最终原则，有利于对重合案件的审理，有利争议的解决。
上述观点虽都有一定合理性，但也都存在不足。“行政附带民事”的确可以避免法院判决的冲突，符合诉讼经济原则。但其缺憾是对重合案件的解决要当事人行使行政诉权、提起行政诉讼为前提条件。而当事人往往出于各种考虑放弃行政诉权，致使重合案件中的争议得不到解决。此外，行政附带民事没有考虑到第一类重合案件的复杂性。并不是所有的重合案件都得不到解决。“先行后民”虽然有利于法院内部各审判庭各司其职，但存在着和行政附带民事相同的缺憾。而且，先行后民必须经过两道程序才能解决争议。并不经济。“司法最终原则”较有利于对第三类重合案件的解决，但也有明显不足。一是司法最终原则没有直接解决行政裁决的效力；二是司法最终原则不能覆盖所有的重合案件。鉴于行政、民事争议重合案件的复杂性，笔者认为在设定处理程序时不能一刀切，不宜作简单化处理。而应按照各类重合案件的不同性质，分别设定处理程序。以下是笔者对处理重合案件程序的基本构想。
（一）处理第一类重合案件的程序
如前所述，第一类重合案件有两种情况：一种是对进入民事诉讼的规章等抽象行政行为的合法性有异议，从而产生双重争议；另一种是对进入民事诉讼的具体行政行为不服，从而导致争议的重合。由于抽象行政行为不属于行政诉讼的受案范围，法院的行政审判庭对抽象行政行为没有直接的审查权，因而，抽象行政行为是否合法原则上应由受理民事争议的民事审判庭鉴别。如果规章等相互冲突，可以比照行政诉讼法的规定，逐级上报最高人民法院送请国务院解释。对不服具体行政行为的重合案件的审理宜建立直接移送审查制度。即由受理民事争议的民事审判庭将有关行政问题直接移送本院的行政审判庭处理，处理完毕后，再继续民事诉讼。至于行政审判庭对移送的行政问题采用何种程序和方式进行审查，需要进一步研究。但这里有必要尽可能的简化程序，并将审理行政问题的程序视为民事诉讼的附加环节，而不作为一个独立的诉讼。建立直接移送制度可以有效避免法院裁判的冲突，及时解决争议；同时也充分体现了当事人对行政诉权的尊重。
（二）处理第二类重合案件的程序
对第二类重合案件的审理应当建立行政附带民事制度。在第二类重合案件中，行政争议和民事争议没有必然的联系，因而，法院对行政争议问题和民事争议问题可以分开审理，也可以附带审理。当然，法院在解决行政争议的同时是否附带解决民事争议需要取决于当事人的意愿。当事人放弃民事部分的诉权时，法院只需对行政争议部分作出裁决。建立行政附带民事制度，对有一定联系的行政争议方式和民事争议方式一并予以解决，符合诉讼经济的要求，既方便当事人诉讼，也有利于法院内部的合理分工。
（三）处理第三类重合案件的程序
对第三类重合案件的审理可以借鉴日本的做法，确立当事人诉讼制度。当事人诉讼有两个显著特点：第一，当事人诉讼的被告一般不是作出裁决的行政机关，而是与原告有争议的另一方当事人。第二，法院在审理当事人诉讼案件时，主要适用民事诉讼程序，可以作出给付、确认或变更判决。同时，介入争议的行政机关以特殊身份参加诉讼，法院的判决对行政机关的拘束力，行政机关必须服从。确立当事人诉讼制度符合司法最终原则和诉讼经济的原则。既尊重当事人的诉权，也有利于行政争议的全面解决。法院的判决具有最终的效力，不仅拘束当事人，也同样拘束行政机关。在当事人诉讼中，当事人不会面对或者和行政机关相对抗、或者放弃民事实体权益的两难选择，行政机关也不会因担心作被告和担心败诉而对诉讼施加压力，反而会积极促成争议的解决。与行政附带民事以及先行后民相比，当事人诉讼应当是比较合适的选择。
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