医疗纠纷自行和解中双方民事权利的平等性使其不能完全由行政法调整，其中的医学科学技术的公益性和可持续发展性使其也不能完全由民法调整。即使是将医疗机构改制为两大类，一类为非营利性(公益性)医疗机构，另一类为营利性医疗机构并完全推向市场，也不可能完全改变医疗机构的公益性质而完全由民法进行调整 [7]。自行和解中支付的过高的赔偿金，未被查清的医疗隐患和未能认真总结的诊疗经验，仍是阻碍医药卫生事业发展的严重问题。根据医患关系的特征采用《医事法》进行调整是必然的选择，我国目前尚无形式意义上的医事法，但诸多单行的医事法律、法规、规章等已构成了实质意义上的医事法。《条例》虽然是以行政法规的形式调整医疗侵权，但其中的内容已基本脱离了单纯的行政干预，体现了公平、公正、公开解决医疗侵权兼顾医患双方权益和社会公益性的医事法律的内容，在目前医事法和社会保障法初步发展的阶段中，以《条例》为基础作出对医疗纠纷自行和解的必要限制应当是符合实际的正确选择。
1、限定自行和解赔偿金额。自行和解中医患双方对事故级别和责任程度并不重视，也很难达成共识。即使讨论这些问题其真正目的也仅在于如何确定赔偿金额。没有赔偿金额的限制给医患双方权利滥用留下了可利用的机会，医方可以高额赔偿诱使患方放弃鉴定或诉讼，患方则可以千方百计的争取高额赔偿，自行和解比例偏高及其中的权利滥用在一定程度上是这其中可获取的利益和可操作的空间所诱发的。仅就实务而言，不规定自行和解的赔偿金额，从目前83.31%的自行和解比例及发展趋势来看，医疗事故技术鉴定程序和诉讼程序都将基本被排除在外，《条例》中规定的赔偿计算方式及金额限制也将失去意义，医疗事故的解决将主要在自行和解的掩盖下无序进行。赔偿金额应考虑限定在5万元以内，超过限定标准赔偿必须经过法定程序。
2、自行和解之前必须经过专家论证并向患者或其家属如实说明。发生医疗纠纷后，院方可依患方要求或由院内医政部门依职权将病历资料立即封存。对诊疗正在进行中的情况，可将已完成的部分病历以复印件的形式封存备查，对后续病历资料视情况考虑封存，以保证专家论证的可靠性和与患方进行协商的可信性。院方必须在专家论证基础上，以《条例》的规定为计算依据确定具体赔偿金额。医方必须采取正式形式向患方全面如实说明专家论证后的结论及赔偿金额，并以认真、耐心、通俗易懂方式向患方作出解释。不得采取渐进方式，分阶段承认诊疗过程中的错误并对赔偿金额随意变动。禁止掩盖错误诊疗行为欺骗患方或无原则的迁就患方的要求。
3、自行和解磋商以两次为限，应在两周内终了。发生医疗纠纷后，医方必须积极主动全面了解情况进行专家论证，在首次磋商后据情况确定第二次磋商时间，第二次磋商仍达不成一致意见时，自行和解应当终止并转入法定程序。全部自行和解的时限应规定在2周之内，杜绝医方的拖延和患方的反复纠缠。不论是否达成和解，自行和解结束后医方必须把专家论证过程、结论和医方整改措施及有关责任人的检查，以书面报告形式呈送卫生行政主管部门。医方无过错的应说明情况，存在错误必须落实整改措施，书面报告必须真实详细，杜绝自行和解中只对患方进行赔偿，对责任人给予罚款，而不认真深刻的总结经验教训的情况。
4、人道主义补偿金额应限制在两万元以内。除了《条例》第三十三条规定的不属于医疗事故的六种情况以外，还存在着相当数量的因临床医学的不精确性，概然性和探索性而导致的医疗侵权无法证明的情况, 对此医患双方都没有错误，也就都没有信心可归责于对方。患方担心通过法定程序可能根本得不到赔偿或赔偿的很少，医方担心一旦构成医疗事故可能赔偿的比自行和解要高很多而且又损害了“名誉”，所以双方在表面对峙，但心理上都在谋求和解。这种类型在和解中占有一定比例，是自行和解比例较高的原因之一。
这类医疗纠纷本应由社会保障体系解决，在目前社会转型的过渡阶段中，自行和解时一些医院从同情的角度对这种责任十分模糊的医疗纠纷常给患方以人道主义补偿，但应当将其限定在两万元以内，并要经卫生行政主管部门的确认，使之既能发适当的作用，又能防止成为权利滥用的另一个突破口。从发展角度来看，医疗纠纷的限制性和解必然因医事法和社会保障法的调整而逐步改进，并最终被法定的确认和补偿制度所取代。
5、必要的相关措施应互相配合。首先，公安机关必须认真落实卫生部、公安部《关于加强医疗机构治安管理维护正常诊疗秩序的通知》精神，清楚的认识到医疗侵权是一种法律关系，患方的违法违规行为侵害公共秩序和医务人员人身安全是另一种法律关系，应按各自的有关法律法规以正常程序处理，不能将二者混为一体，把医疗纠纷的矛盾激化状态也认为是医患之间的私事，甚至认为患方是弱势群体，到医院求医问药不到万不得已不会和医院发生冲突，患者或其家属已经很可怜了，再给予行政处罚即不人道也会更加激化矛盾，从而容忍甚至放任患方的违法违规行为，使患方在自行和解的合法形式中有恃无恐的侵害医方的权益和社会公益，以达到获得高额赔偿的目的。在这方面武汉市公安局、卫生局联合制定的《武汉市医疗纠纷突发事件处理规定(试行)》中的许多规定，具有重要的参考价值。其次，媒体必须认识到自己的职责不仅是关怀弱势群体，而且关怀弱势群体的根本目的正在于促进社会公益，对医疗纠纷应进行必要的深入了解，不被任何一方的观点所左右，尽量作到公正的报道。第三，要下大力气解决医疗机构存在的问题，特别是要在现有条件下，把可控制的技术错误和人为的错误降到最低，重塑“白衣天使”的公众形象。同时要解决医疗事故技术鉴定及司法中的相关问题。避免促成患方极易与医方发生纠纷，而医疗纠纷发生后患方又极不愿意通过法定程序解决的不正常情况。
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