（一）抗诉事由法律规定的模糊，导致抗诉运作上的较大分歧。
事诉讼法并没有规定检察机关只能在国家或公共利益范围内提起抗诉，也没有规定检察机关抗诉的具体事由，但规定了它有两项权力：一是检察机关认为法院裁判确有错误就可以抗诉；二是检察机关只要提起抗诉，法院就应当进入再审，例如检察院以发现新的证据为由提起抗诉的问题。
（二）抗诉权行使的要件不明确，缺乏对滥用抗诉权的有效防止。
司法实践中，有的当事人将此视为一种对抗生效裁判的有效途径，造成了少数当事人的投机心理。只要不服终审裁判，就去设法要求抗诉，同时也给抗诉权寻租提供了隐性市场。由于抗诉再审不需当事人交纳诉讼费用，也不受终审裁判审级的限制，于是少数当事人不上诉，等待判决生效以后直接要求检察机关进行抗诉，必然引起司法资源的极大消耗，极不符合诉讼效益原则。笔者认为这种舍弃上诉寻求抗诉的做法仍然是不妥的。因为如果当事人都放弃上诉程序而去追求抗诉，那民诉法设置的上诉程序将形同虚设，法律规定的上诉功能将不能得到有效的发挥。同时还会发生当事人利用这种方式规避上诉可能发生的负担诉讼费风险的情形，将部分诉讼成本转移给国家。
（三）抗诉权的行使无法定时限的要求，使生效的裁判始终处于不稳定的状态。民事诉讼法虽然规定当事人申请再审的时效为二年，但对检察机关提起抗诉只规定是事后监督，却没有期限上的约束。从而曲线突破法律的时效规定，直接违背了立法者追求民事秩序稳定的立法原意。
（四）检察机关出庭支持抗诉的程序模糊。检察机关抗诉的单方倾向性，有悖于民事诉讼的抗诉，除了宣读抗诉书之外，还应当从事哪些诉讼行为？检察人员出庭究竟如何安排法庭的座位？法律和司法解释均没有作出具有操作性的规定。这不仅打破了民事诉讼的均衡格局，而且影响了法官独立行使审判权，混淆了审判权和检察权的明确界限。
（六）民事抗诉权的审级规定存在重大缺陷，导致理解于运用上的冲突与混乱。民事诉讼法第184条规定，抗诉案件可以由原审人民法院审理，也可以由上级人民法院提审。至于抗诉案件的审理权限如何进行分配，法律和司法解释均未给出十分明确的规定。审判机关与检察机关对此存在认识上的不同，法院认为，我国民诉法只规定，对检察机关按审判监督程序提出抗诉的案件，人民法院应当再审，并未规定应当由原终审法院的上级法院再审。相反，民诉法第184条规定原则上由原作出发生法律效力的判决、裁定的人民法院裁判，而上级法院提审只是一种例外。检察院系统则主张向同级法院抗诉并由同级法院审理。其理由是保持抗诉的人民检察院同进行再审的人民法院相对应，如果向原审法院提出抗诉并由原审法院审理，由提出抗诉的人民检察院派员出庭，会违反司法工作中同级相对应的原则。
