笔者认为，根据定义，这一制度主要蕴涵以下几层意义：
一是以刑法规定单位具有独立犯罪主体资格为前提。单位犯罪主体资格否认的对象只能是仅仅具有单位的形式，但不具备刑法意义上的单位的实质特征之“单位”，因为只有这样的“单位”，成立“单位”的自然人或其他单位才有可能利用“单位”犯罪，逃避法律的应有追究，单位犯罪主体资格才有被滥用的可能，因而才有适用单位犯罪主体资格否认制度的必要。
二是该单位一旦被否认自始不具有犯罪主体资格。此点与“法人人格否认”有别。就法人人格而言，其只针对个案，是对公司在某一特定情况下已经丧失独立人格特性的一种确认和揭示，旨在追求个案中的特定法律关系的具体妥当性和实质正义性，并不是对公司独立人格彻底的全面的否定。也就是说，它只是对股东在特定的法律关系中借助法人合法有效的外壳从事规避法律行为的否认，其法律效力仅局限于特定的当事人之间的法律关系，在该个案的特定法律关系之外，公司独立法人人格不容否定。而刑法意义上的单位作为犯罪主体，其认定标准具有统一性和恒定性，“单位”一旦在某一案件被否认具有犯罪主体资格，那么该“单位”在其他场合也不具有犯罪主体资格，即其自始不具有犯罪主体资格，这是刑法特殊性的表现。
三是单位主体资格的否定将产生特定的法律后果。一方面直接追究真正股东的刑事责任，另一方面仅仅否认其具有刑法意义上的单位资格，而不是对其他意义上的单位资格彻底的全面的否定。所谓其他意义，包括民法意义、行政法意义、生活习惯意义等等，凡此种种意义上的单位资格不容否认，有的涉及审判权与行政权的划分也无法直接否认。例如，对采用抽逃注册资本成立的公司，刑事审判中可以否定其作为犯罪主体的资格，但不能否定其作为公司或作为普通意义上的“单位”存在。此外，单位犯罪主体资格的否认是终局意义上的否认，不能否认其作为被告单位或上诉单位中的“单位”而存在。
四是适用单位犯罪主体资格否认的目的是为了实现刑法的正义性。这一制度的目的在于，为了追求诉讼价值的平衡，通过否认“单位”作为犯罪主体的独立性，来追究滥用者的法律责任，以维护社会的公平正义，实现刑法的正义性。
五是单位犯罪主体资格否认制度只是一种司法规制。即该制度是一种司法上的事后救济，而非立法预设。从以上可见，单位犯罪主体资格否认制度是对刑法立法中的单位犯罪制度的有益补充和完善，是对滥用单位犯罪资格行为的一种修正和补救。
