司法改革面临的一个悖论是法律理性中“价值理性”与“工具理性”之间的冲突。韦伯指出，现代化的法治滋生于法理型的社会。这一社会的合法性来自对理性法律的确认。在我们看来，这既包括工具理性，也包括价值理性。所谓工具理性，意在建立一种制度秩序，它既指实体法的规定、原则和体系符合严密的逻辑，又指司法程序符合理性化的要求，使法律具有可预测性、可计算性。而价值理性则是一种主观判定的终极价值信仰，在此信仰之下，法律、法规、规章、制度被认为是从终极价值公理演绎出来的，其内容是对价值基本原则的阐释。事实上，工具理性关注的是制度和操作层面的“法律是什么”，而价值理性关注的则是价值层面的“法律应当是什么”。工具理性和价值理性的区分使我们认识到，一套完整的司法改革制度背后，必定有某种特定的价值观念的支撑。但是，中国的法律规定、制度与操作(自然包括司法改革)目前都面临价值理性失落的问题。
在当今情况下，程序公正的本身有着重要的意义。程序公正是司法活动追求的目标，程序是诉讼的游戏规则，只有依据程序进行的诉讼才是法律意义上的诉讼。我们可以把审判比作是一场足球比赛，如果没有比赛规则，裁判员不是根据严格的规则程序进行裁判，那么这样的比赛结果是没有任何意义的。如果法官在审判时忽视了严格的程序，则会使当事人对案件的审判结果的公正性失去信心。一些严重违反程序的行为如刑讯逼供、非法取证等，即使裁判结果是公正的，也损害了整个制度的公正，犹如采食了“毒树之果”，因此从根本上说是不公正的。
公正往往是一种相对的概念。司法的过程是一个再现过去的过程，需要在特定的时空条件下对过去进行判断，在有些情况下认定案件事实的问题并不像想象的那么简单，而且案件的事实并不总是泾渭分明，非黑即白。如一个民事案件，其判决结果往往只能是相对于当时的情况作出的相对公正的判决，这种判决本身有时也存在不确定性。假设一个产品责任伤害赔偿案件，在赔偿的数目上就不好说是100万元公正呢，还是90万元公正，而且这种判决结果经过几年后更加具有不确定性。此外，由于法官的本身认识能力是有限的，其裁判时可能掺杂着一些主观的因素和评价标准，对案件事实的认识往往带有一定的局限性和模糊性。所以，我们在指导思想上不能过于求真求全。从上述意义上说，通过程序公正来保障实体公正并进一步全面实现司法公正是一条必经之路，程序公正可以作为在实践中追求司法公正的切入点。
(一)立案改革目标问题。立案改革追求的目标为程序公正，程序公正是实体公正的保障。但信奉纯粹程序公正，将实体公正完全寄托于程序公正是幼稚的。片面追求实体公正，漠视程序公正更是有害的。如何将现有的立法者创造的程序一般公正转化为程序个别公正是司法者的任务，立案改革就是保障由一般到个别这一转化过程的完成，即取纯粹程序公正理论积极意义，以审判流程管理为核心，把诉讼程序细分为若干有序环节，通过程序公开、公众监督、审限跟踪，使程序公正得以实现，以保障实体公正，进而实现司法公正。
(二)立案定位问题。“立案庭”这一名词，仅代表其承担统一立案职能，是不全面的。借鉴国外经验，可将立案庭改名为“立案准备庭”。法院任何建设都表示出司法者对法院文化的要求，都应顾及法的精神，使之成为公正、正义的象征。随着立案改革的深化，不少法院设立立案大厅，立案流水作业，提高了效率，方便了告诉。
(四)保持大立案体制的原则性与灵活性统一。有的法院在“大立案”之初，对经验采取照搬，将立案权统一于立案庭，没有考虑农村当事人的实际，造成了部分边远农村和行动不便的当事人告状难。针对上述问题，我们按照“两便原则”，实行立案“双轨制”。即当事人选择到立案庭立案的，由立案庭负责审查后转交人民法庭立案审理。对辖区案件当事人起诉到法庭的，由法庭负责审查立案并代其到立案庭办理登记手续。这样既坚持了大立案运作机制，又方便了边远地区及行动不便的当事人就近诉讼，真正解决了告状难，减轻了当事人的讼累，实践也证明我们的作法得到了社会的充分肯定。
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