《指引》要求，主办券商应加强推荐业务的质量管理与风险控制，设立内核机构，建立健全内核工作体系。主办券商从事推荐业务，向全国股转公司报送推荐挂牌项目申请文件前，应当履行内核程序，内核机构成员对推荐业务涉及的推荐文件和挂牌申请文件、尽职调查工作底稿进行审慎核查，并独立作出专业判断。全国股转公司对主办券商及其内核机构成员实施自律监管。
根据规定，主办券商内核机构，应独立于推荐业务部门，负责内核工作的组织与管理。主办券商对全国股转公司业务实行统一部门管理的，应在一级部门下设不同的二级部门，分别负责推荐业务和内核工作，内核机构应独立、客观、公正地履行职责，对推荐文件和挂牌申请文件进行审核，对项目小组是否已按要求对申请挂牌公司进行了尽职调查；申请挂牌公司拟披露的信息是否符合全国股转公司有关信息披露的规定；申请挂牌公司是否符合挂牌条件；是否同意推荐申请挂牌公司股票挂牌等问题进行回应。
全国股转公司要求，内核机构应由十名以上成员组成，由主办券商聘任。内核机构成员分为内核会议成员与内核专员，内核专员数量应与主办券商推荐业务规模相匹配。
在内核程序方面，《指引》规定，主办券商召开内核会议前，应对推荐文件和挂牌申请文件、尽职调查工作底稿进行现场核查，现场核查人员应由内核专员担任，内核专员应根据申请挂牌公司所属行业特征制定现场核查计划，通过实地察看、访谈等方式了解项目基本情况和主要风险，对重点问题予以关注，内核专员应当形成现场核查报告并提交内核会议，内核会议须七名以上内核机构成员出席方可召开，其中律师、注册会计师和行业专家至少各一名，且由推荐业务部门人员兼任的不得超过1/3，内核会议应对是否同意推荐申请挂牌公司股票挂牌进行表决。
一家券商负责新三板业务人士表示，今年新三板的基调以监管和风控为主，在挂牌公司激增的情况下，通过保证质量来控制风险，此次颁布的《指引》就是通过发挥主办券商内核工作的作用，对个别主办券商重复出现的问题纳入执业质量进行监管，进一步提高主办券商执业质量和挂牌审查工作效率。新三板市场的狂飙始于2015年。数据显示，2014年末，新三板挂牌数量只有1572家，2015年末时挂牌数量猛增至5129家。截至2016年4月6日，新三板挂牌企业总数共计6412家，总股本为3766.54亿股。
值得注意的是，对于可能会出现的违规情形，全国股转公司设立了特别监管事项。一旦主办券商及其内核机构成员出现尽职调查制度、现场核查制度、审核工作底稿制度未有效执行，现场核查报告、现场核查工作底稿、审核工作底稿存在虚假记载、误导性陈述或者重大遗漏等情形时，全国股转公司可视情形对其采取约见谈话、出具警示函、暂不受理文件、通报批评、公开谴责等自律措施或纪律处分；情形严重的限制、暂停直至终止主办券商从事推荐业务；并视情节轻重，及时向证监会报告。
随着监管的趋严，一些券商自身制定的内核标准在提高。上述券商人士指出，在《指引》落地之后，很多之前靠人为把握的尺度，将被框在一个很清晰的规章里，届时，新三板所有主办券商内核机构将共享统一理念和标准，以信息披露为核心的监管理念将有助于挂牌审查工作。
