二是营业税。对公司处置不动产，包括房屋、建筑物、构筑物以及以及地面附着物，应当按“销售不动产”项目缴纳营业税。转让土地使用权、商标权、专利权、著作权、商誉的行为，应当按“转让无形资产”项目缴纳营业税。
三是土地增值税。对公司处置房屋、建筑物、构筑物以及地面附着物及转让土地使用权取得的收入，应当依法缴纳土地增值税。土地增值税就收入扣除准予扣除项目后的增值部分按规定的税率计算征收。对转让旧房准予扣除项目的确定：转让旧房能提供评估价格的，根据财税字[1995]48号文件的规定，转让旧房可扣除的项目金额包括三项，即旧房及建筑物的评估价格，取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用，在转让环节缴纳的税金。此外，纳税人支付的评估费用准予在计算土地增值税时扣除。转让旧房不能提供评估价格但能提供购房发票的，根据财税[2006]号文件的规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不得作为加计5%的基数。即转让旧房不能提供评估价格，但能提供购房发票的扣除项目金额包括三项：购房发票所载金额（实际上包含了《条例》中六条的“取得土地使用权所支付的金额”以及“旧房及建筑物的评估价格”两部分）：加计扣除金额（加计扣除金额=购房发票所载金额×5%×购买年度起至转让年度止的年数）：与转让房地产有关的税金（包括转让旧房时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税、契税以及教育费附加，上述四税及附加均必须提供相应的完税凭证）。转让旧房既没有评估价格又不能提供购房发票的，根据财税[2006]号文件的规定，对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征管法》三十五条的规定，实行核定征收。
四是印花税。对产权转移证书，按所载金额万分之五缴纳印花税。
五是企业所得税。企业清算的核心是对企业财产（资产）的清理处置。税法规定，企业将剩余财产分配给股东前要清算所得依法缴纳企业所得税。所以，企业清算期间的资产无论是否实际处置，一律视同变现，确认增值或者损失。确认清算环节企业资产的增值或者损失应按其可变现价值或者公允价值进行计算。清算期间，企业实际处置资产时按照正常交易价格取得的收入可作为其公允价值。对于清算企业没有实际处置的资产，应按照其可变现价值来确认隐性的资产变现损益。计算清算所得，主要就是计算全部资产处置过程中产生的所得以及了结一切债权、债务所产生的所得或损失。此外，企业进行清算，即表明已终止持续经营，是企业存在的最后一个过程。因此在计算清算所得时，还要考虑清算前企业尚未确认的递延收益、尚未在税前扣除的待摊费用、已在税前扣除而不再实际支付的预提性质的费用、商誉的扣除以及尚未超过弥补期限的亏损等问题。清算所得可用下面计算公式表示：清算所得=全部资产处置所得一清算费用+确实无法偿还的债务一无法收回的债权损失+尚未确认的递延收益一尚未扣除的税前允许扣除的待摊支出+已在税前扣除而不再实际支付的预提性质的支出一商誉一以前年度发生的亏损。其中，全部资产处置所得=资产交易价格或可变现价值一资产计税基础一税前允许的税金及附加。税前允许的税金及附加，是指处置资产过程中缴纳的营业税、城建税、教育费附加、印花税、土地增值税等，不包括可以抵扣的增值税和企业所得税，也不包含企业以前年度欠税。清算所得税的计算清算所得税等于清算所得额乘以25%税率。由于清算期间不属于正常的生产经营期间，在计算清算所得税时不能享受有关企业所得税优惠政策。
六是个人所得税。可供分配剩余财产，是指企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款并清偿企业债务后的余额。企业清算后，清算净所得加上未分配利润、公益金和公积金等，按一定比例分配给投资者，投资者分得剩余资产的金额，相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得，应当按“利息、股息、红利”所得项目扣缴个人所得税；剩余资产减除股息所得后的余额，超过股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得，应当按“财产转让”所得项目扣缴个人所得税。
此外，需要说明的是：我国现行《破产法》第37条和《民事诉讼法》第204条均规定，破产财产在优先拨付清算费用后，按下列顺序清偿：职工工资和劳动保险费用；所欠税款；清偿债务。对处于第二清偿顺序的“所欠税款”是指企业清算前的欠税，而并非是处置资产过程中的新发生的税收。对清算处置资产时产生的税收是为债权人的共同利益而于清算程序中必须支付的各种费用，是属于清算费用，应当优先受偿。另据《税收征管法》（第45条）：处于第二清偿顺序的欠税发生在设立担保债权之前的，税收债权优先；欠税发生在设立担保债权之后的，担保债权优先。
