我国财务会计制度规定，基于资产的真实性和谨慎性原则考虑，为保证企业因市场变化、科技进步、或经营管理不善等原因导致资产实际价值的变动能够真实地得以反映，要求企业合理地预计各项资产可能发生的损失，提取准备金。根据证券行业的特点，允许扣除的项目限于风险准备。风险准备，指特定企业为了防范可能存在的风险，依法提取的一定数量的资金，来弥补风险真正发生时所造成的损失。如《证券法》就规定，证券交易所应当从其收取的交易费用和会员费、席位费中提取一定比例的金额设立风险基金；证券登记结算机构应当设立证券结算风险基金，用于垫付或者弥补因违约交收、技术故障、操作失误、不可抗力造成的证券登记结算机构的损失。《期货交易管理条例》也规定，期货交易所、期货公司、非期货公司结算会员应当按照国务院期货监督管理机构、财政部门的规定提取、管理和使用风险准备金，不得挪用。
财税〔2009〕33号文件对证券行业准备金扣除进行了分类列举：
具体包括：
一、证券交易所风险基金。上海、深圳证券交易所依据《证券交易所风险基金管理暂行办法》（证监发〔2000〕22号）的有关规定，按证券交易所交易收取经手费的20%、会员年费的10%提取的证券交易所风险基金，在各基金净资产不超过10亿元的额度内，准予在企业所得税税前扣除。
二、证券结算风险基金。中国证券登记结算公司所属上海分公司、深圳分公司依据《证券结算风险基金管理办法》（证监发〔2006〕65号）的有关规定，按证券登记结算公司业务收入的20%提取的证券结算风险基金，在各基金净资产不超过30亿元的额度内，准予在税前扣除。证券公司依据证监发〔2006〕65号文件规定，作为结算会员按人民币普通股和基金成交金额的十万分之三、国债现货成交金额的十万分之一、1天期国债回购成交额的千万分之五、2天期国债回购成交额的千万分之十、3天期国债回购成交额的千万分之十五、4天期国债回购成交额的千万分之二十、7天期国债回购成交额的千万分之五十、14天期国债回购成交额的十万分之一、28天期国债回购成交额的十万分之二、91天期国债回购成交额的十万分之六、182天期国债回购成交额的十万分之十二逐日交纳的证券结算风险基金，准予在税前扣除。
三、证券投资者保护基金。上海、深圳证券交易所依据《证券投资者保护基金管理办法》（证监会令第27号）的有关规定，在风险基金分别达到规定的上限后，按交易经手费的20%缴纳的证券投资者保护基金，准予在企业所得税税前扣除；证券公司按其营业收入0.5%~5%缴纳的证券投资者保护基金，准予在税前扣除。
具体包括：
一、期货交易所风险准备金。上海期货交易所、大连商品交易所、郑州商品交易所和中国金融期货交易所依据《期货交易管理条例》（国务院令第489号）、《期货交易所管理办法》（证监会令第42号）和《商品期货交易财务管理暂行规定》（财商字〔1997〕44号）的有关规定，分别按向会员收取手续费收入的20%计提的风险准备金，在风险准备金余额达到有关规定的额度内，准予在企业所得税税前扣除。
二、期货公司风险准备金。期货公司依据《期货公司管理办法》（证监会令第43号）和财商字〔1997〕44号文件的有关规定，从其收取的交易手续费收入减去应付期货交易所手续费后的净收入的5%提取的期货公司风险准备金，准予在税前扣除。
三、期货投资者保障基金。上海期货交易所、大连商品交易所、郑州商品交易所和中国金融期货交易所依据《期货投资者保障基金管理暂行办法》（证监会令第38号）的有关规定，按其向期货公司会员收取的交易手续费的3%缴纳的期货投资者保障基金，在基金总额达到有关规定的额度内，准予在税前扣除。期货公司依据证监会令第38号文件的有关规定，从其收取的交易手续费中按照代理交易额的千万分之五至千万分之十的比例缴纳的期货投资者保障基金，在基金总额达到有关规定的额度内，准予在税前扣除。
财税〔2009〕33号文件第三条规定，证券行业准备金如发生清算、退还，应按规定补缴企业所得税。
以证券交易所风险基金为例，如某证券交易所2008年12月31日风险基金净资产余额为7亿元，2009年1月～12月收取交易经手费10亿元，收取会员年费5亿元。该证券交易所2009年度按规定可以提取证券交易所风险基金＝10×20%＋5×10%＝2.5（亿元），风险基金净资产余额为9.5亿元。如果2009年度还存在对违规会员的罚款、罚息收入1亿元，那么风险基金2009年末净资产余额就达到了10.5亿元。根据证监发〔2000〕22号文件第四条规定，每一个财政年度终了，该基金净资产达到或超过10亿元后，下一年度不再根据证监发〔2000〕22号文件第三条第（一）项“按证券交易所收取交易经手费的20%提取，作为风险基金单独列账”、第（二）项“按证券交易所收取席位年费的10%提取，作为风险基金单独列账提取资金”提取资金。证监发〔2000〕22号文件第十四条还规定，经证监会批准，该基金作相应变更、清算时，由证监会会同财政部另行决定该基金剩余资产中应当上交财政和退还有关出资人的比例和数额。2009年12月31日，该风险基金就要对多计提的0.5亿元作清算处理，如果证监会会同财政部决定将0.2亿元上交财政、0.3亿元退还出资人，那么该证券交易所就应当按规定补征企业所得税＝0.3×25%＝0.075（亿元）。
