税收方面如何处理?税法并没有这方面的规定，只能根据税收原理进行分析。
假设：A公司出资300万元(其中100万元代B公司持股)，于2008年度投资于C公司，2009年度分配股息15万元(A公司占10万元，B公司占5万元)，C公司于2010年度上市，A公司转让该股票，取得投资收益1500万元(A公司占1000万元，B公司占500万元)。
问题：1、A公司的长期股权投资如何列示，300万元还是200万元?
3、转让C取得的投资收益，如何列示，如何返还B公司?
一、按形式重于实质进行处理。
根据公司法对于股东的相关规定，税局对于代持股份的处理意见，倾向于形式重于实质，即C公司记载的股东为A公司出资300万元，因此相关的账务处理及税收在此基础上进行。
1、A公司收到B公司投入的100万时，先挂其他应付款-B公司100万。
2、A公司收到C公司分来的股息15万时，全额确认为A公司的免税收益，并按深圳税局的规定进行免税备案。返还B公司时5万元时可冲减其他应付款-B。
3、A公司取得股票转让收益1500万元，在当年度申报企业所得税，将税后利润假设400万元返还B公司时，同样冲减其他应付款-B。
这样处理的结果时，企业所得税全部在A公司缴纳，但与B公司的往来，其他应付款出现305万元(400+5-100)的借方余额。
公司长期挂账的往来款，税务检查时需解释清楚，并说能服税局人员，这些是交过企业所得税的，所以B公司还需将A公司交企业所得税的资料，代持股权协议，银行往来记录等复印备查。
如果A公司不在往来核算，305万元直接冲减税后利润，即借利润分配305万元，贷银行存款305万元，A公司的凭证附件可包括代持协议，银行付款记录等真实性证明资料，A公司的税收风险较低。
但B公司取得这305万如何入账?如作为投资收益305万元并且申请免税备案时，则可能无法提供税局认可的资料。如将这305万元作为所得交税的话，则存在企业所得税双重征税问题，加重的B公司的税收负担。
目前明确的只是对房地产公司合作开发，取得的完税后利润，可视同股息红利。公募基金公司也有相应的税收政策明确。但投资公司目前并没有类似的规定。
1、A公司对C公司的长期股权投资仅记录200万元。
2、A公司收到股息时免税收益备案时按10万备案，可能税局不认可，因银行汇款记录，投资记录，C公司的章程，验资报告，股东名册等与账务不符。
或者，股息收入不备案，公司直接将其作为收入交企业所得税。
3、股权转让取得的1500万元，A公司按1000万作为投资收益交税，B公司按500万作投资收益交税。
这时，记账凭证的附件，类似于费用分割单的方式，可包括代持协议，出资记录复印件，B公司的企业所得税申报表等证明双方均交了企业所得税的证明等足以证明其真实性的资料，如果遇到税收检查，能及时提供资料，虽然存在风险，但解释起来可能比较容易，毕竟A公司，B公司并没有逃税的动机。
但这样处理也并不一定会得到税局的认可。如果A公司与B公司分属不同地方税局，则可能存在税源争议。
以上两种处理方法均存在明显的不足，如何选择风险较低?或者有其他更合适的方法?
三、如果A公司是代自然人持股，则不可以按前面的两种方法进行处理。
因为公司投资与个人投资，税收待遇不一样，具体操作可参考《公司与个人投资上市公司的税收区别》。
中国财务官王骏：关键是仅听实质投资者、挂名投资者两家的一面之词，如何确定挂名属实?以后大家在股权转让之前都说自己是挂名关系如何处理?(myhway：律师的建议是，代持协议如果进行公证，可增加其可信任程度。作为一种委托代理业务，代持股权法律并不禁止。)
jinke1985：代持游走于公司法之外，我认为不应该受到法律保护。而且，如果企业以此为借口，如何判断?(myhway：这个咨询过律师的意见。代持是有法律效力的。只是代持股权不能对抗第三方。)
