（一）房地产行业征管难度较大。房地产企业具有开发、销售周期长，成本费用项目多，会计核算复杂，涉及税种多的特点，其收入和税前扣除项目的计算，受纳税人会计核算健全程度影响较大，税务机关管理难度较大。
（二）房地产行业纳税意识不强。目前，房地产行业进入门槛不高，许多房地产公司仅仅靠所取得土地或所拥有土地而成立，其纳税意识淡薄，对自身纳税义务和预收房款、以房抵顶工程款、代收款项等税收政策知之甚少。一些房地产公司是地方政府通过招商引资方式开办的，这些企业往往曲解地方税收优惠政策，甚至认为自己是招商引资企业，理所当然在税收方面享有优惠。
（三）房地产行业流动性强。作为房地产行业的共同特点，许多房地产开发企业无固定办公地点，房屋开发到哪里，办公地点就设在哪里，给保持税收征管的连续性带来很大难度。
（四）税收管理外部环境有待改善。虽然《征管法》明确规定了有关部门协税护税的职能，但现实中由于部门利益驱动，造成部门配合不力，协税护税组织不够完善，不能实现有效资源共享和信息互换。此外，有些部门不能正确认识涵养税源和依法征税的关系，在支持税务部门依法开展工作方面力度不够，也一定程度上影响了房地产行业税收管理的实际效果。
（五）房地产行业财务核算不健全。一是财务制度混乱。账务不全，有的甚至无帐。二是收入不实。有的房地产企业采用预收款形式销售房屋，因未开具正式发票，预收款长期挂账不做收入。三是虚列成本。多数房地产开发项目由于工期长，与建安企业结算不及时，成本核算未严格执行权责发生制和配比原则，仍按收付实现制核算成本，对未售房面积，收入未转但成本已提前列支，造成收入与成本不配备，无法核算其真实成本和无法真实反映企业盈亏情况。部分企业按预计数字入账，造成成本虚增。大量不合法凭证入账或根本没有取得合法凭证做账的现象比比皆是。
（六）房地产企业普遍存在着逃税和少缴税款的现象。从对房地产行业纳税评估情况来看，纳税人不列、少列收入、多列成本、挤占当期税款的现象比较普遍，其方面形式包括：一是不列收入。部分企业以不了解相关规定为由，对取得的预售收入未纳入当期应税所得申报纳税；二是少列收入。部分企业对样品房、转作经营资产用房及抵偿材料款、工程款等应视同销售的收入未纳入当期应税所得申报纳税；三是多列支出。如一次性全额列支借款费用、预提维修基金、擅自扩大广告费和业务宣传费计提范围且存在一块成本多头列支等；四是混淆预售与销售的概念。少数企业工程尚未完工，即以已向用户开具正式发票为由，采用确认销售和配比成本的方法计算申报当期应税所得。由于工程尚未完工，其总成本无法确定，则采用预算成本配比，达到挤占当期应税所得的目的；五是少数开发企业纳税意识淡薄。房地产行业本身所具有的行业特点导致了开发企业偷税侥幸心理，偷逃税现象比较严重。
（七）当前纳税评估中存在的问题及缺陷。
一是对房地产行业纳税评估工作定位不够准确。就纳税人而言，纳税评估工作是通过资料分析、评估约谈等方式查找税收问题，近似间接的纳税检查。而对评估人员而言，评估工作的目标和方法也主要倾向于个案查出多少问题。导致目前纳税评估工作方式类似税务稽查，但手段和实际效果又不如税务稽查。同时，由于有效监控机制还未真正建立，纳税评估工作在设计上存在一些不足，对对报表、查查数据、与企业核实疑点问题等静态监督形式无法了解企业动态实际情况，无法掌握外部相关信息，形成评估盲点。
三是纳税评估指标体系存在一定局限性。现行的纳税评估指标体系是参照房地产行业内平均值确定的，实际上是企业真实纳税标准的一种假设。一般评估指标的测算结果都直接与行业正常值进行比较，即企业被测算指标只要处于正常值的合理变动幅度内，就被认为已经真实申报。实际上，评估对象的规模大小，企业产品多少等因素都对“行业峰值”产生较大影响。此外，单凭评估指标测算和评价很难正确判断申报的合法性和真实性，企业还经常受到所处环境、面临风险、资金流向等诸多因素的影响。纳税评估指标体系的局限性，制约着纳税评估工作的效果和开展方向。
四是纳税评估人员综合业务素质亟待提高。目前，从事评估的人员都是税管员，在负责征管的同时进行纳税评估，没有专门从事评估的人员。税管员素质参差不齐，部分评估人员知识面窄，掌握评估方法不够，只停留在看看表、对对数、查查抵扣发票信息的较浅层次，不善于从各种涉税信息中寻找和挖掘深层次问题，使评估工作流于形式，评估效率不高。
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