2011年A公司将其名下的土地投资成立一家房地产B公司，土地原价500万元，投资时评估增值100万元，获取B公司股权600万元。3个月后，A公司将B公司600万元股权卖出，卖价为540万元。请问A公司缴纳土地增值税时收入是按600万元还是按540万元?
1、《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)第一条规定，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)第五条规定，对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)第一条暂免征收土地增值税的规定。
根据上述规定，A公司以土地使用权投资一家房地产公司，不适用免税规定，应缴纳土地增值税，土地增值税的计税收入应以评估做价600万元计缴。
2、《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》(国税函[2000]687号)规定，鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。
《税收征收管理法》第三十六条规定，企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用;不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。
《企业所得税法》第四十一条第一款规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。
根据上述规定，A公司在转让该主要以土地使用权为表现形式的100%股权时，还应缴纳土地增值税。此时土地增值税计税收入的确认，若A公司与股权受让方有关联关系，A公司在计算土地增值税及企业所得税时，交易价540万元明显低于评估作价600万元或当时的市场价值，税务机关有权进行合理调整。
