过去税务师事务所作为税务机关的附属机构，内部管理、人员调配、代理业务、费用收支等都由税务机关负责，习惯了衣来伸手、饭来张口的太平日子，没有任何生存压力。一些税务师事务所因此缺乏市场意识、竞争意识、服务意识；税务代理人员习惯于坐在家里，签签合同，开开发票。现在与税务机关脱钩了，根本不能适应市场情况，就像没了娘的孩子，不知如何应对。
就目前而言，税务中介机构还不能像会计师事务所、律师事务所那样有法定的业务可做。绝大部分纳税人对税务中介认知度较低，认可度也较低，仅有服务性业务，没有法定业务，税务中介很难做大。由于靠自身力量寻求业务的空间有限，目前很大一部分税务中介机构因为没有业务而陷入艰难的境地。
许多税务师事务所的从业人员是一些离退休的税务干部，有的甚至是税务机关清退的助征员、临时人员。这些人因为精力有限，接受新事物、新知识的能力相对欠缺，对税务中介业务专业知识，如税收新政策、会计知识、税收相关法律知识、电算化知识等没有及时更新，难以适应当前复杂的经济现象和纳税人对税务代理的个性化需求。
目前，有的税务机关为表明与税务中介机构彻底脱钩，与其划清界限，对其不闻不问，生怕引火上身，带来不必要的麻烦，因而不支持、不配合、不接触、不推荐、不宣传；有的税务机关和税务干部对税务中介机构开展的中介业务不认可，甚至认为其提出的政策见解及维护纳税人正当权益的做法是多管闲事；有的税务机关和税务干部认为税务中介削弱了自身权力，触犯了自身利益，监督了自身的执法行为，于是暗中反对纳税人聘请税务代理。这些情况的存在，很大程度上也阻碍了税务中介机构的发展。
从目前来看，全国行业性的注册税务师职业道德与执业纪律规范制度、执业质量考核评价制度、业务工作制度等还没有建立，造成行业间各行其是、无章可循。同时，注税行业的管理还不到位，如行业规范、市场监督、执业风险等方面的管理十分欠缺。另外，诚信执业还存在不少问题。如借助行政权力强制代理、欺骗客户；只收费不服务，多收费少服务；为谋取利益，无序竞争、变相压价，有的甚至违反税收政策帮助纳税人偷逃骗税。
