办理该案的 工作思路 是“协同作战、消除隐患”。在实施过程中做到“ 三核实、四强化” 。“三核实”即核实其自开票资格及运输能力情况、核实其发票开具及税款缴纳情况，核实其与关联单位关系及款项结算情况；“四强化”即强化与公、检、法等部门的合作、强化与市国税局稽查局的联合，强化稽查与征管的联动、强化与其他有关单位的联系并争取支持和配合。
根据初查情况和案情分析，专案组为防止 该公司将 帐簿、凭证、报表、发票等实物予以毁损或藏匿，决定采取证据保全措施，依法对该公司实施调帐检查，调取了该公司 200 3 年度和 2004 年 1--3 月帐簿、凭证及发票实施检查。同时按照预定的稽查方案兵分两路开展外调，寻找案件突破口。针对该公司用于冲减营业额的货运发票中出现的大量连号发票以及超常规对外开具发票的情况，一方面从该公司用以冲减运输收入的货运发票入手，发现货运发票的来源主要是高邮、姜堰、兴化、宝应等地的。于是专案组成员分头直奔这些地区进行实地调查，经当地税务机关认定该公司接受的 货运发票均 为假票。另一方面从“兴伦公司”对外开具的运输发票入手，将该公司对外开具的流向全国 20 个省、自治区、直辖市的发票按受票单位分别进行梳理归类，并制定出发票核查方法：一是对本市企业采取地毯式的发票核查。对全市受票单位，专案组提供受票分户清单，由市局征收管理处牵头组织下达到全市城、郊、县地税局进行核查；二是对涉及省属企业的，直接提请省局对相关企业进行调查；三是对受票数额较大的企业采取实地调查。重点是对苏州、无锡、镇江、扬州等地受票数额较大的企业，进行了实地调查； 四是分别向 省内、省外受票单位的主管税务机关发出了发票协查函 。经核查 该公司开票情况如下：
货运发票 208 4452 221313562.50
合 计 330 6969 302826233.81
各方核查信息迅速汇集后，专案组初步判断该公司涉嫌为他人虚开、代开货物运输发票。于是，提请公安机关提前介入， 组建了联合专案组。 联合专案组根据办案工作需要进行了具体分工，分别设立了审查组、外调组、资料组、政策支撑组、后勤保障组等，采取全封闭的形式开展工作。
联合专案组根据已掌握的证据和初步查清的事实，决定对几名主要犯罪嫌疑人采取监视居住措施进行审查 ，并 对公司办公地点及负责人家里进行搜查，搜出了一份由公司制定的如何对付税务稽查的“应对方案”。这份材料详细描述了各种可能情况出现时，如何应答检查提问的措施和方法。该公司瞄准 市场上大量流动无证个体运输户对货运发票的需求，采 用 不法手段骗取发票，在直接对外开具的同时，还 向其下属公司提供营业执照、合同、发票，甚至提供用于冲减营业额的假货运发票。 一是对外承接业务只开票不承运。 该公司 实际上没有任何运输工具，接到业务后就找其他运输户承运，然后由其或其下属公司代开发票收取手续费；二是根本不存在运输业务，而是根据他人需要开具发票，甚至主动上门为他人开具发票收取手续费；三是利用假货运发票冲减营业收入。 该公司开具 假货运发票作为运输成本冲抵自身开出的收入发票金额，每月控制差额 10% 的营业收入进行纳税申报，并按 3% 缴纳地方各税。其下属公司到总公司领取发票时，总公司还要按开具的假货运发票金额分别收取手续费。
