为了适应社会主义市场经济体制建设和国际惯例的需要，同时也使进口税收政策更好地配合和扶持国内产业发展的需要，自1993年起，我国政府进行了以“降低关税水平、调整关税结构、清理关税减免、扩大关税税基、实行国民待遇”为主要内容的关税制度改革，同时对进口税收优惠政策开始进行清理和调整。
减免税清理的对象主要是政策性特定减免。1993年12月，国务院批准了关税税则委员会关于清理政策性关税减免文件意见的通知(国发[1993]88号)，正式拉开了清理减免税政策的序幕。此次清理减免税优惠政策共涉及157个文件，其中98个明显不符合社会主义市场经济要求和国际惯例的文件需要尽快分步取消。1993年底，共废止文件27个，并对9个减免税规定进行了调整。
1994年12月，国务院批转了关税税则委员会、财政部、国家税务总局《关于第二步清理关税和进口环节税减免规定的意见的通知》(国发[1994]64号)，决定从1995年1月1日起，停止对利用国外贷款进口的货物等五大类进口商品的关税和进口环节税减免优惠，对电视机、摄像机等20种商品进口一律依照法定税率照章征税，并对一些针对特定企业、特定项目和特定区域的减免税政策进行了调整。
1995年12月，《国务院关于改革和调整进口税收政策的通知》(国发[1995]34号)出台，开始了第三步对进口税收优惠政策的清理，主要内容包括：对全国各类特定区域进口各类物资一律按法定税率征收关税和进口环节税，不再享受进口税收减免政策;取消对周边国家易货贸易、新设立的外商投资企业进口的设备和原材料等方面的进口税收优惠政策。
经过三步政策清理后，仅保留了外国政府、国际组织无偿捐赠物资免税，与小轿车和摄录一体机国产化率挂钩的进口差别税率，特定地域石油、天然气勘探进口设备材料免税，民航进口飞机减征进口环节增值税，驻外人员以及留学人员进口个人物品免税，出境口岸免税店以及《进出口关税条例》中规定的进口减免税等共7项政策。
1997年，亚洲金融危机爆发。在全面清理减免税政策的基础上，为抵御亚洲金融危机对我国经济的冲击，进一步扩大利用外资，引进国外的先进技术和设备，我国及时对进口税收政策进行了调整。1997年12月29日，国务院发布了《国务院关于调整进口设备税收政策的通知》(国发[1997]37号)，决定自1998年1月1日起，对国家鼓励发展的国内投资项目和外商投资项目进口设备，在规定的范围内，免征关税和进口环节增值税;1999年8月，国务院办公厅下发了《国务院办公厅转发外经贸部等部门关于当前进一步鼓励外商投资意见的通知》(国办发[1999]73号)，规定外商投资企业从事技术开发和创新以及向中西部地区投资，可按国发[1997]37号文的有关规定享受进口税收优惠。这些政策有力地促进了产业结构的调整和技术进步，推进了国民经济持续、快速、健康发展。
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