在商业秘密是外购或投资者投入的情况下，可在现有的无形资产科目下设商业秘密权的二级子科目，用于核算和摊销。人账价值为外购成本或投资者的投资协议额，会计分录为借记无形资产商业秘密权，贷记实收资本;发生诉讼时，根据法务会计职业判定，测试商业秘密减值的金额多少，借记营业外支出侵权减值，贷记无形资产商业秘密权。再根据分成比例估计基本能够得到的金额冲销营业外支出，借记其他应收款××企业，贷记营业外支出侵权减值。除此情况外转人表外计量，最后再根据法院判定进行调整。期末摊销时，根据商业秘密的经济使用寿命按直线法或加速法进行摊销。其会计分录为借记治理费用，贷记无形资产商业秘密权。
在自创商业秘密的情况下，由于我国新的会计准则规定，自创的无形资产以实际成本入账，但由于商业秘密的特性，其成本与其收益的价值相差较大，不足以反映其实际价值，不利于保护和重视，因此，笔者认为在实务中应分如下情况进行处理：一是遵循新企业会计准则，但应当设置无形资产备查账簿，在备查簿内充分反映商业秘密的价值，其价值应根据商业秘密使用后所带来的现金流量的现值之和入账;二是聘请专业评估人员对商业秘密进行评估，以确定其入账价值并进行会计核算，其分录为借记无形资产商业秘密权，贷记资本公积自创无形资产估价。摊销及发生诉讼时会计分录与购入时的会计处理相同。商业秘密权摊销完之后，再将资本公积中的自创无形资产估价转入其他资本公积，其分录为借记资本公积自创无形资产估价，贷记资本公积其他资本公积。
侵权方会计处理根据法务会计的职业判定假如很可能败诉，企业确认侵权损失。会计分录为借记营业外支出侵权损失、治理费用诉讼费，贷记预计负债;法院判决后再据以调整，借记预计负债，贷记银行存款。
假如是重大恶意侵权，笔者认为目前法院判决时所采用的惩罚性赔偿具有很好的惩罚示范效应。侵权方确认侵权损失时应根据以往类似案件法院判决赔偿情况考虑谨慎性原则充分估计应该计提的损失。会计分录与一般侵权情况相同。被侵权方此时不应乐观地进行相关会计处理，只有基本确定能收到时根据法务会计判定才据以计量。
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