很多企业都开始重视通过申请专利来保证和获取商业利益，这是难得的进步,但他们也许并不知道，专利只是保护商业秘密的一种方式。可口可乐1886年首度进入市场，其后长盛不衰。配方作为可口可乐的核心机密，一直是全球饮料行业争相打探的信息。它的高明之处就是对其配方不申请专利，而使用商业秘密的方式进行保护。这样，就不会担心申请专利时公开，更不会担心因为专利过期而成为行业公知的秘密。
成熟企业的知识产权保护是一整套完整的体系，不同类型的商业秘密通过不同的方式保护，他们不像小企业那样只把希望寄托在专利保护上。
公司的商业秘密和知识产权可以利用多种“武器”进行保护，比如商业标志可以申请商标、生产线的改进可以申请专利、原料的供应可以申请原产地保护、图纸设计可以申请著作权。而商业模式、客户信息、产权交易、经营创意这些秘密仿佛缺乏适合的法律保护武器。
更让身处过度竞争行业的中小企业困惑的是，一些依靠经验或传承获得的产品配方、制作工艺、技术诀窍等技术信息，尽管科技含量不高，却能取得四两拨千斤的作用，成为与同行竞争的“看家法宝”。但有时候，这些技术信息又简单得如捅窗户纸一样，一旦被同行知晓极易模仿和改进利用。如果申请专利，因为达不到一定的显著性和创新性就会被驳回;即使申请成功，技术信息会被公开，理论上可以保护，但因为行业混乱和应用广泛，很难收集证据进行维权。
上述两类知识产权以商业秘密形式进行保护，是最恰当的。尽管商业秘密无需认定、不用公示，也不具有排他性，但受到侵犯后，只要证据充分，同样可以受到法律保护。
一般来说，如果一项知识产权的专业难度很大，技术上难于通过反向工程进行解析或破解，技术生命周期又较短，则适合以商业秘密形式进行保护。但如果秘密的商业前景广阔，技术生命周期较长，新颖性又能达到一定的要求，技术上又容易通过反向工程进行解析或破解，则通过专利权、著作权、商标权及组合进行保护，比较合适。
商业秘密外泄，很多是因为企业疏于告知员工保守秘密的重要性，进而被员工无意或恶意外泄。
实践中，很多企业在新员工入职时都要求签署劳动合同，其中包含了简单的保密条款。对于不涉密的员工，这样的制度安排已经足够。而对涉密岗位的人员，企业应该准备有专章规定商业秘密的劳动合同，或者单独的保密协议，其中应明确保密内容和范围、双方的权利与义务、协议期限、具体违约责任等。而对于核心涉密人员，企业应当根据涉密内容签订竞业限制协议，规定员工在离职后的一段时间内不得从事相关行业。
更多的商业秘密是因为员工的离职造成的。成熟的大企业对于员工离职的涉密处理有规范的程序，值得学习：
首先，对提出辞职的员工或有离职倾向的员工，应尽早从涉密岗位上调离，一方面是避免他们接触新的秘密;另一方面，有些秘密的内容也会因为时间变化而调整。其次，离职时，规范的企业均会列出详细的工作及资料移交清单，相关工作交接人逐项确认并签字。这项制度非常好，不但可以保证工作交接无遗漏，同时工作清单上的内容也是证明离职者在任期间从事或接触企业特定商业秘密的主要证据，一旦发生争议或纠纷，是起诉的重要证据。另外，企业应重视离职员工电子邮件的移交和备份。工作电子邮件的收发是员工履行其职务行为的一部分，其内容是法院起诉时证明员工在任期间接触企业特定商业秘密的重要证据。
特殊情况下，对于掌握商业秘密的员工到竞争对手一方履职的，则建议企业主动采取预防措施，书面通知对方企业员工在本单位的工作性质和业务范围，甚至告之其不得利用自己的商业秘密。这样，一旦如果对方坚持侵权，己方亦保有事先警告的证据，在法律上处于很有利的地位。
此外，对知晓核心商业秘密的管理层更多的股权激励也是通行的做法。
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