对运输业务进行税收筹划，是当前一个热点。人们往往简单地认为，只要成立独立的运输公司就可以节税。问题没这么简单，需要考虑多种因素。运输业务往往同混合销售、兼营行为一起发生，对其筹划就要处理好三者的关系。
以自有货车从事货物运输业务的生产企业，在纳税筹划中，最容易发生的是混淆兼营和混合销售的界限，仅从税负的高低考虑，将销售本企业产品时发生的运输收入从货物销售收入中分割出去，按兼营方式分别核算销售额，将运输收入作为营业税应税劳务申报缴纳营业税。这样做不仅达不到降低税负的目的，反而会形成纳税风险。因为以自有车辆运输本企业销售货物的行为属于混合销售业务，而非兼营业务，其运输环节的收入不论是否单独核算，都应并入货物销售额中缴纳增值税。
此外，虽然企业有兼营运输业务的项目，但与货物购买方仅签订一份包括运输收入的产品销售合同，却在进行会计账务处理时，人为地将货物销售额扣除一部分，作为运输收入单独核算缴纳营业税，这样做也会形成纳税风险。税务机关往往会将其视为混合销售要求缴纳增值税。
首先，从整体收益角度考虑是否需要成立独立运输公司。
生产企业自有车辆，为避免混合销售业务缴纳增值税，可以根据运输车辆的多少及运输业务的大小，从整体收益角度进行论证，看是否可以通过设立运输公司节税。如果生产企业将自有车辆单独成立运输公司，生产公司销售货物指定该运输公司负责运输，生产公司分别与运输公司签订货物运输合同，与购货单位签订购销合同。这样，运输公司只需缴纳3%的营业税，而生产公司则可抵扣运费7%的增值税，企业节税为7%-3%=4%。若不设立运输公司，车辆的物耗则作增值税扣除。假设车辆可抵扣物耗金额为M，则物耗可抵扣税金为17%M，设销售额为N，扣税平衡点为M=4%N÷17%=23．53%N，在M<23．53%N时，设立运输公司则有节税空间。
一般情况下，当自有车辆可抵扣的物耗大于23．53%时，自有车辆无需独立；若自有车辆可抵扣的物耗小于23．53%时，可以考虑成立运输公司。但成立运输公司会有各种费用发生，如开办费、人工费用以及其他费用等等，所以，就生产企业来讲，是否以自有车辆设立运输公司，要看运输业务量，特别要计算对内的运输业务所产生的节税收益是否能保证运输公司的基本费用开支。
例如某企业为增值税一般纳税人，主要生产、销售大米。2002年，为节省运输成本，公司购置了一批车辆。2002年销售大米实现收入5000万元(不含税)，在销售本单位产品时实现运输收入500万元。会计主管为节省税金支出，将运输业务视为兼营业务独立核算，缴纳营业税。已知该企业本年度增值税进项税额为455万元，其中运输车辆物耗可抵扣税金为30万元。
该企业会计计算本年度应纳流转税为：
5000×13%-455 500×3%=210(万元)。
根据以上的分析，该企业对应纳税金的计算方法不正确，正确的应纳税金计算方法为：
(5000 500÷1.13)×13%-455=252．5(万元)。
企业应纳增值税为：5000×13%-(455-30 500×7%)=190(万元)。
运输公司应纳营业税为：500×3%=15(万元)。
以上方案共缴纳税金205万元，比企业在不成立运输公司的情况下少缴税金47．5万元。原因就是车辆可抵扣物耗金额为176万元，所占销售额的比例远远小于23．53%。
企业无自有车辆，请外面的运输公司运输货物，这类业务一般有企业直接支付运费或代购货方垫付运费两种形式。要降低税负，可以采用代垫运费的方式进行操作。企业以正常的产品价格与购货方签订产品购销合同，并商定：运输公司的运输发票直接开给购货方，并由企业将该项发票转交给购货方，企业为购货方代垫运费。另一方面，与运输公司签订代办运输合同，企业在货物运到后向运输公司支付代垫运费。这样，企业就可以节省运费收入10%的税金。
