但从总体上说，中国的运输化仍旧处于需要迅速扩大运输能力的初级阶段。虽然最近十余年是我国运输业发展力度最大的时期，但运输网能力不足，整体运输技术装备水平不高，运输企业规模小和组织结构落后，城市交通阻塞状况恶化，公路超载和乱收费严重，运输管理和法制建设不完善，交通安全问题形势严峻，运输市场的正常秩序尚未完全建立，运输业发展与资源环境的矛盾等问题仍旧十分突出或愈见突出。
我国当前所处的运输业发展阶段使我们不但要继续关注运输化初级阶段加快运输设施建设、提高技术水平和扩大运输能力等一般性问题，还必须关注属于阶段转换时期的特殊问题，特别是要强调通过连接性实现各种运输方式的综合与协调发展。
从运输需求变化的趋势看，我国工业化目前阶段的能源、原材料和重化工产品的运量仍在继续增长，但高加工度和高技术含量产品的数量也在上升；除了国内市场持续扩张引起的运输需求增长，我国作为世界加工中心参加全球经济分工也要求运输体系与国际更好接轨；农业进一步商品化和扩大市场在提高交易效率方面对交通运输的依赖程度愈益明显；农村人口城市化对客运形成巨大压力，但同时居民收入水平持续上升导致居住和消费模式的改变，也对传统的城市和城际交通提出了巨大挑战。运输需求已不仅仅是数量方面的增长，因此运输供给必须满足更多零距离换乘、无缝连接和一体化服务方面的要求。
我国运输问题的复杂性在于既包括发展问题，同时也包括体制改革问题。其中发展问题既包括主要属于运输化初级阶段的加速运输网主框架问题，也包括运输化得到一定发展后必须解决的连接性问题，还包括已无法回避的与资源环境实现均衡及可持续发展问题。而体制改革问题既包括从政府严格管制甚至包揽运输建设与运营活动，到转向与市场携手更好地以官民合作方式推动运输业发展，也包括从过去各种运输方式分别单独管理、条块分割的体制，尽快向综合性运输管理体制转变。在某种程度上可以说，目前和今后相当一段时期内我国运输业解决体制性障碍要比解决能力和技术问题更为紧迫，必须提高驾驭现代运输管理体制的能力。
目前我国国民经济和运输业发展的水平和状况，都已经到了必须从更高层次制定运输政策的阶段，即不仅考虑每种运输方式各自的系统效率，更要同时考虑综合运输、高效物流体系、全球化和可持续发展层面的问题，要求相应更高级别的综合管理部门发挥主导作用。为此提出的主要建议包括：
