为便于讨论，在本案中抛开甲企业是否具备反诉条件，人民法院能否合并审理的问题，该案的焦点就集中在撤诉与诉讼时效的关系问题上。
民事诉讼中的撤诉，又称为诉之撤回。从狭义上讲，仅指原告撤回起诉，从广义上讲，则泛指当事人向法院撤回诉之请求，不再要求法院对案件进行审理的行为。撤诉是当事人的一项重要权利，我国《民事诉讼法》第十三条规定："当事人有权在法律规定的范围内处分自己的民事权利和诉讼权利"。诉权作为一项最基础的诉讼权利也可以作为诉讼中原告的处分对象之一，可以由原告自己决定是否继续请求人民法院对案件进行审理。撤诉便是当事人处分自己诉讼权利的具体体现。
诉讼时效制度，又称为消灭时效，是指权利人于一定期间内不行使请求权即丧失请求法院保护其权利的权利○1。理论界普遍认为，诉讼时效制度的设立目的在于督促权利人及时行使权利，如果权利人享有权利却不积极地行使，将使社会秩序和法律关系处于不稳定的状态，与此情形，则不利于物尽其用的社会发展原理。史尚宽先生认为，如果不行使权利的事实状态持续相当时间，可以认为未予行使的某种权利已经消灭，这就是消灭时效产生的法律效果○2。
我国《民法通则》第七章就诉讼时效问题做出了原则性的规定，在审判实践中出现了法律的理解和适用上的差异，尤其在撤诉与诉讼时效的关系问题上，争论颇多。
法、德、日和台湾地区都规定了撤诉不中断诉讼时效，从某种程度上保护了债务人的利益，由于这种规定一概地否定了在撤诉情形下原告起诉的法律效果，将已经因为起诉而中断的诉讼时效置于不稳定状态，导致诉讼时效中断的法律效果能否持续发生作用取决于原告是否撤诉，又未必能够均衡地保护双方当事人。结合我国民法典的制定进程和整个社会的法律认知程度，笔者认为，解决上述理论分歧应从正确理解"撤诉"的含义着手。撤诉基于起诉的完成，通说认为，诉讼时效仅适用于请求权，且主要适用于债权请求权，因此，研究撤诉与诉讼时效的关系问题也应从请求权-诉权-撤诉权的关系方面入手。请求权，是指权利人请求相对人为或不为一定行为的权利，请求权包括诉讼外的请求权和诉讼上的请求权。权利人非依诉讼行使请求权系诉讼外的请求权，包括以自力救济方式直接向债务人请求，以及向人民调解委员会或有关单位提出保护民事权利的请求。权利人依诉讼方式行使的请求权是诉讼上的请求权。诉讼上的请求权是权利人依据法律规定，请求人民法院以司法的认知和裁判来确认请求权，并督促义务人履行义务。也就是权利人以行使诉权的方式达到请求权得以实现的终极目的。尽管我国民法理论对诉权内涵的解析仍然在探索阶段，但是大多认为诉权是民事纠纷主体所享有的，请求国家司法机关公正解决它们之间存在的民事纠纷的权利○5。撤诉是当事人行使处分的表现，也是当事人的一项重要诉讼权利。撤诉又可分为申请撤诉、按撤诉处理和按自动撤诉处理。我国《民事诉讼法》第一百三十一条规定的就是申请撤诉，是指当事人主动向受诉法院提出撤诉申请，不再请求法院对案件继续进行审理，是当事人对自己诉讼权利的积极处分。《民事诉讼法》第一百二十九条和《人民法院诉讼收费办法》第十三条分别规定了按撤诉处理和按自动撤诉处理的情形。按撤诉处理和按自动撤诉处理是指在当事人出现某些法定情形时，受诉人民法院依照法律的明确规定，比照当事人申请撤诉的情况对案件加以处理。这通常视为当事人对自己诉讼权利的消极处分。
权利人向法院起诉或反诉，是行使诉权和请求权的表现，但诉权和请求权的行使不是同时发生的。仅向法院递交诉状本身只是诉权得以行使的表现，通过法定程序向债务人送达诉状才是请求权得以行使的表现。因为：一，请求权是相对权。必须向相对人送达才能产生请求权的效果。人民法院不是请求权的相对人，只是请求权的居中裁判者，仅将诉状递交到法院是采用诉讼方式行使请求权的开始。因此，起诉本身并不是请求权的表现，而是诉权的表现。二，请求权区别于形成权。请求权只是依赖于相对人为或不为一定行为才能产生请求权效果，而相对人为或不为的选择，只有在知悉请求权人的请求后方能做出 (债务人不依请求而主动履行者不为保护请求权)，因此，请求权人的请求只有到达相对人时才产生请求权实现的可能。权利人向人民法院起诉或反诉本身，请求权的意思只是到达了法院，而未经法定程序到达相对人时，不能视为当事人已经行使了请求权。根据上述分析，笔者认为在权利人向法院递交诉状至法院向对方当事人送达前，当事人的请求权未到达对方，此时权利人撤诉是撤回诉权，放弃的是司法救助的请求。权利人的撤诉与未起诉具有同样的法律效果，对请求权不产生任何影响，请求权状态没有变化，因此，诉讼时效没有中断，应连续计算。当法院已向对方当事人送达诉状后，请求权已经到达对方。此时，撤诉是撤回诉权和诉讼上的请求权，权利人没有放弃诉讼外的请求权。由于权利人对权利的放弃仅向将来生效，而不具有溯及力。因此，撤诉之前请求权到达相对方的事实状态不可改变，并不能因为权利人撤诉而视为先前的请求权未行使。由于相对人提出请求是诉讼时效中断的法定事由，此时，诉讼时效中断的法律效果已然发生，则其后的撤诉行为也不可改变已经产生的诉讼时效中断的法律效果。
由上分析认为，甲企业的反诉没有被人民法院受理，甲企业的请求权未得以行使。货物买卖合同又未约定乙企业的付款已无履行期限，故甲企业的债权未受到侵犯，诉讼时效期间还未起算。甲企业可以向人民法院提起诉讼。因此，笔者认为第二种认识是正确的。
《民法通则》第一百四十条规定："诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。"对于提起诉讼和当事人一方提出请求已如前述，"同意履行"如何理解呢?
首先从字面含义上来理解，根据《现代汉语词典》○6对"同意"的解释是：对某种主张表示相同的意见，同义词是赞成、准许。由此可见，债务人的同意履行是基于债权人提出了要求履行的主张的情况下。因此，同意履行是一种被动行为。与被动相对的是主动，根据该词典对"主动"的解释：不待外力推动而行动○7。乙方在甲方未要求履行的情况下表示履行债务，是没有外力推动的主动履行行为，不是《民法通则》第一百四十条中规定的"同意履行"行为，也就不是诉讼时效中断的法定事由。其次从诉讼时效中断的效果上看，诉讼时效中断后导致诉讼时效的重新起算，这和诉讼时效的开始计算有相同的衡量标准，这个标准就是《民法通则》第一百三十七条规定的"诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。"诉讼时效主要适用于债权请求权，所以，诉讼时效应当从请求权受到侵害时计算。既然甲方未行使请求权，客观上就不存在请求权被侵害的情况，诉讼时效的起算点也不存在。因此，乙方的主动履行行为不能导致诉讼时效的中断，甲方的请求没有超过诉讼时效。
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