李新荣入院后，经过间接喉镜检查，医生发现她的舌根部有一半球状肿物，约2×2×2厘米大小，使喉入口部变窄。取部分组织分别送外院进行病理活检，一家报告为付节瘤，另一家认为是血管内皮肉瘤。由于这两种瘤均属低度恶性肿瘤，当时负责治疗的该院耳鼻喉科主任杨教授认为应手术切除肿瘤。在家属签字同意后，于1992年10月10日由杨主任、本院口腔童主任以及天津口腔医院的陈主任一起顺利地实施了手术。术后将大标本分送两家医院进行病理检查，报告分别是：“舌根部异位结书性甲状腺肿”；以及“甲状腺瘤、来自异位甲状腺部分细胞有异形性变。”术后一个月，李新荣出现了浑身无力、手足冰凉的症状。经吸碘试验及甲状腺扫描检查，医生考虑为“甲状腺机能低下”，给予服甲状腺素片、支持疗法对症治疗，1993年1月21日在病情稳定的状况下出院。
李新荣出院后，曾几次出现月经周期紊乱、子宫出血症状，在天津医学院附属医院妇产科治疗过。1997年夏，病员及其家属多次找医院交涉，要求院方承担责任，其理由是甲状腺被切除，已丧失甲状腺功能，内分泌紊乱。于此同时，病员及其家属向天津市卫生局提出医疗事故鉴定申请。天津市医疗事故鉴定委员会对本案进行了鉴定，经分析于10月16日做出了“此例不属医疗事故”的鉴定结论。病员不服这一鉴定结论，于1998年2月向天津市河西区人民法院起诉。
天津市河西区人民法院受理本案后，委托天津市卫生局对该案鉴定组织复议。技术鉴定委员会再次进行了讨论，并推翻了鉴定结论，于1998年8月4日做出了“此例定为二级医疗技术事故”的复议结论，基于这一结论。参照《医疗事故处理办法》及其天津市实施细则，判决医院一次性给付李新荣经济补偿费5000元及手术到判决生效之日的医疗费用。病员对这一判决不服，向天津市第一中级人民法院提出上诉。
天津市第一中级人民法院认为此案的处理较为复杂且意义重大，特向最高人民法院请示。最高人民法院于2000年3月24日做出复函：“《医疗事故处理办法》和《天津市医疗事故处理办法实施细则》，是处理医疗事故赔偿案件的行政法规和规章，与《民法通则》中规定的侵害他人身体应当承担民事赔偿责任的基本精神是一致的。因此，你院应当依照《民法通则》、《医疗事故处理办法》的有关规定和参照《天津市医疗事故处理办法实施细则》的有关规定，根据该案具体情况，妥善处理。”此外，法院还带李新荣到设在上海司法部司法科学技术研究所进行了鉴定，结论为：“上诉人李新荣目前甲状腺及甲状旁腺缺如。”距判决最近（2004年7月9日）的医学诊断是：“甲状腺功能低下并肾上腺上质功能减退。”综上所述，法院认为，原审法院判决除补偿5000元，其他经济损失根据劳动保护的有关规定解决是错误的。依据《中华人民共和国民法通则》第119条，“侵害公民身体造成伤害的，应当赔偿医疗费、因误工减少的收入、残废者生活补助费等费用”的规定，对李新荣12年来治疗、住院的费用、误工损失费、陪伴费、营养费以及今后20年的上述费用，应由天津医科大学第三医院赔偿。但考虑到有其看病的因素亦不好分割，故医院承担医药费用的90%为宜。2004年8月12日，天津市第一中级人民法院做出终审判决：一、撤销河西区人民法院原判。二、天津医科大学第三医院赔偿李新荣自1992年10月到2004年7月医药费的90%及陪伴费、营养费、误工损失费，计218023.14元。三、天津医科大学第三医院赔偿李新荣今后20年医药费用的90%及陪伴费、营养费、误工损失费，计356304元。再加上其他有关费用，共计万余元。上述费用本判决生效后一次性给付李新荣。
