高风险性是高新技术企业的本质特征，也是决定其发展的关键因素。高新技术企业的风险包括两个层面：一是损失的可能性；二是企业发展终止的可能性。这些风险中，最突出的是技术风险和市场风险。技术风险是指在新产品研制和开发过程中，由于技术失败而引致的损失，技术风险存在于高新技术企业发展的各个阶段。
市场风险是指技术创新带来的新产品能否被市场接受，能否取得足够的市场份额。高新技术企业的市场风险主要表现为：产品市场容量不确定，新产品的需求规模预测通常不可靠；即使有需求，企业市场开拓和竞争的结果也不确定，成功的市场开发取决于正确的策略、足够的投入以及全体营销人员的创造性工作等一系列因素。
高投入是高新技术企业的又一特征。美国IBM公司在1980—1984年间的电子计算机开发费用和基建投资为280亿美元，相当于40年代美国研究原子弹的曼哈顿计划全部费用的14倍。在高新技术企业发展的各个阶段，除R&D投资外，企业开办费用、市场营销、人员培训等都需要大量资金投入。企业具有一定规模后，往往需要进一步投入资金，这一时期的资金需求量一般在数百万到千万美元之间。
高新技术企业进行中小企业融资决策时，既要考虑中小企业融资成本、代理成本等因素，更要结合自身所处的发展阶段，选择金融工具。在研究开发、创业和早期成长阶段，企业收入不及支出，一直处于亏损状态，但由于开发产品、拓展市场、培训人员的需要，资本需求可能高达600万美元。企业只能寻找外部资金来源。
在加速成长期，企业已达到收支平衡点，开始有所积累。但累计利润尚未弥补以前年度的净损失。而且企业发展也到了极为关键的时刻。企业面临的技术风险结构变化，新产品开发风险下降，但市场风险和产业化风险却大大提高。这一阶段，资金需求也急速增长，可能高达1500万美元，如果情况复杂，可能需要的资金更多。即使内部留存收益增长较快，也不能满足发展的需要。
直接中小企业融资主体追求较高的投资收益，也愿意承担较高的风险，是金融市场上的“风险爱好”者，间接中小企业融资主体则倾向于承担较低的风险，只获取稳定的收益。直接中小企业融资和间接中小企业融资这种对风险的偏好性决定了高新技术企业应以直接中小企业融资为主。
在企业发展的早期阶段，风险因素多，收入不确定性大，与商业银行的贷款原则有很大出入。商业银行是典型的“风险厌恶”者，其青睐的对象是发展成熟且收入稳定，因而风险较小的企业。同样的道理，高新技术企业也无法发行债券集资。出售股权进行直接中小企业融资是高新技术企业的唯一选择。
直接中小企业融资与高新技术企业的风险变化相匹配，高新技术企业也为直接中小企业融资主体带来了高收益。美国生物工程产业具有一定的代表性。1989年，美国生物工程产业基本上处于早期发展阶段。这一年，10家主要生物技术公司销售收入的总和还不到10亿美元，合计的亏损则超过3000万美元。以生物工程技术公司为例，在其资本来源中，只有5%来自债务中小企业融资，其余均来自各种直接中小企业融资。
西方传统的成熟企业，中小企业融资策略上偏好内部中小企业融资和债权中小企业融资。高新技术企业从研究开发阶段一直到成长为成熟企业，期间要面临技术风险、市场风险、财务风险、人才风险、组织风险、外部环境风险，其中技术风险和市场风险在高新技术企业表现得更为突出。
但另一方面，高新技术企业表现出了良好的成长性。因此，高新技术企业高风险、高投入、高成长的特点，使其更适宜于进行直接中小企业融资，包括早期的风险投资和后期的公开发行上市。
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