对于作为大学教授的孙东东，无需问责，也无从问责。学术自治的一个基本原则是，允许每个学者自由、公开地表达自己的学术观点，对于不同的学术观点，可以通过平等的学术争论，加以辩析。如果某位学者发表了不同的学术观点，就要被开除教授队伍，那么，学术必然走向沉寂。
孙作为北京大学司法鉴定中心主任，其言论必然对司法鉴定中心的公信力产生影响，如果孙继续担任主任，有可能导致接受鉴定者对该中心的鉴定不予接受。在市场竞争环境中，第三方机构的公信力就是生命，从维护公信力出发，处理结果当十分清晰。
对于作为卫生部专家委员的孙东东，卫生部则要对继续聘任孙担任专家，有可能造成的政策制订与执行风险，以及对部门形象的影响进行评估，按照常识，孙的言论，已经不适合继续担任政府部门的专家。孙继续留任，将加重社会对卫生部门精神卫生政策的不信任。
对于作为《精神卫生法》起草的主要成员之一的孙东东，立法机构则有必要对其立法起草成员资格进行听证。公正是法律的灵魂。虽然法律起草不是某个人说了算，但孙的言论，无论从哪个角度看，都无法与公正联系起来，虽然他已经道歉，但是并不意味着他放弃了自己所坚持的观念，这种观念如果体现在法律中，其危害比政府政策、司法鉴定还大。
以上的原则，不是所谓多数人暴力问题，而是维护机构公信力，捍卫政策、法律公正性的基本常识。依据以上原则，作为教授的孙东东，在学术领域，仍可当大学的教授，做自己的研究，发表自己的观点。在学术领域，他甚至不必为自己的观点道歉——大家自可辩论。但他却不适合担任鉴定机构的主任、卫生部的专家、立法起草成员。有人说孙是“权力的奴婢”，那么，反过来，他的言论可能正为权力很好地服务——往往选择怎样的专家“建言献策”，体现的正是决策者的思路，所以，眼下的问题是，政府机构、立法机构，能够依照问责的常识原则，对孙进行“问责”吗？这才是这一事件的真问题。
