在WTO的各项协议中，考虑到国际贸易关系的历史和现实，承继了关贸总协定一系列可以合法背离最惠国待遇原则的例外条款，主要如历史优惠例外、区域贸易协定例外、一般例外、安全例外，等等，可以说是对WTO规则的“擦边球”。在上述例外中，以自由贸易协定及其过渡安排、关税同盟协定及其过渡安排和优惠贸易协定为主要形式的FTA、RTA最为普遍，对多边贸易体制的基石——最惠国待遇原则的冲击最大。尤其是自WTO成立以来，FTA、RTA呈“大潮式”发展的趋势。WTO148个成员中的绝大多数，都参加了一个或一个以上的FTA、RTA。截止到2004年底，WTO累计收到了307个FTA、RTA的通报(包括新成立的与接受新成员)。最惠国待遇是WTO为全球贸易自由化确立的一项首要的核心原则，是多边贸易体制的“基石”。但是，FTA、RTA的迅速发展，这个“基石”正在逐步被蚕食。
各个FTA、RTA给予其成员的优惠待遇虽然程度不同，但都优惠于WTO成员之间的待遇。FTA、RTA的迅猛增长和全球蔓延，无疑是对最惠国待遇原则的一种削弱，越来越严重地损害着多边贸易体制的根基。这种“意大利空心粉”现象意味着：最惠国待遇原本是普遍适用的基本原则，逐步演变成了一种“例外待遇”，而原本是例外情况下才适用的条款，越来越演变成为一种具有实际普遍适用性的规定。在这样一种趋势下，最惠国待遇，从实际适用的空间来看，成了“最少优惠待遇”。
FTA、RTA繁衍的另一个严重后果是，原产地规则的“巴尔干化”和复杂化。迄今为止，国际上尚未形成统一的原产地规则，有碍于建立非歧视的、公平的、透明的国际贸易秩序。WTO一直致力于原产地规则的协调，但进展不大。而每一个FTA、RTA都有各自的原产地规则，其中对于产品的“当地附加值”或“转换”都有自己的标准。一个国家参加了多少个FTA、RTA，该国就有多少个优惠原产地规则。这就意味着全球有近300个优惠原产地规则。原产地规则的这种“碎片化”和复杂化的必然后果是贸易成本增加，通关程序复杂化，这对于中小企业和发展中国家的出口贸易尤为不利。
目前，从投资贸易优惠程度和贸易自由化程度看，世界经济贸易已呈现出：国别贸易(其中1方为非WTO成员)——WTO成员之间贸易——FTA、RTA内部贸易的新趋势，FTA、RTA区内贸易成为贸易自由化的最高形式。不加入WTO将在世界贸易中出局，加入WTO后，不参与FTA、RTA，将被世界贸易边缘化。
FTA、RTA虽然是WTO的例外规定，不直接违反WTO规则，对世界经济贸易也有一定的积极影响，但其真正的动机是政治而非经济，对世界经济贸易的消极影响不容忽视。缔结FTA、RTA最多的主要是欧美等主要发达国家，而这些国家又主导着WTO多哈回合的谈判进程，他们对待多边贸易谈判的消极与对FTA、RTA谈判的热衷，可能会使WTO边缘化。因此，高喊贸易自由化的欧美等主要发达国家有责任推进多哈回合的谈判进程，把最惠国待遇还给WTO所有成员。
