1996年我国刑事诉讼法的系统修改，进一步完善了刑事诉讼体制，使司法制度发生了较大的变化。其中一个重大的成果就是庭审方式的改革，强化了控辩双方在庭审活动中的积极性。但是从修改后的刑事诉讼法的实施情况来看，新的庭审制度在推行中最突出和最难以解决的问题，可以说就是证人出庭作证问题。在大多数情况下证人均不出庭作证，庭前陈述大量直接使用，使控辩双方的质证难以展开，法官也难以直接审查证言的真伪;另外，法庭审判实际上演化为法官对控诉方卷宗笔录的书面或口头审查，使法官不得不再次依赖于庭下阅卷，直接导致法庭审判流于形式。
证人不出庭作证有各种原因，其中一个主要的原因就是我国现行刑事诉讼法对证人的保护不够。尽管我国刑事诉讼法第49条规定：人民法院、人民检察院和公安机关应当保障证人及其近亲属的安全，对证人及其近亲属进行威胁、侮辱、殴打或者打击报复，构成犯罪的，依法追究刑事责任;尚不够刑事处罚的，依法给予治安管理处罚。刑法第308条规定：对证人打击报复的，处三年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。然而这些规定明显存在一些不足：
1、刑事诉讼法的程序性规定过于原则，对证人的保护措施笼统，缺乏操作性。如刑法第308条虽规定对证人打击报复可追究刑事责任，但由于该条规定过于笼统、原则，没有明确对证人采用哪些打击报复行为以及打击报复行为达到何种程度时才能给予处罚，造成司法实践中难以操作，形同虚设。当证人因被犯罪嫌疑人或其亲属的辱骂、骚扰、威胁等报复行为影响日常生活，向司法机关申请保护时，司法机关一时难以采取切实有效的保护手段。
2、法律对证人保护缺乏预防性措施。对证人及其近亲属的保护仅限于事后处罚，只有在证人受到打击报复并产生一定后果后才能启动保护程序，忽视了对证人的事前保护，缺乏预防性保护措施。
3、法律没有规定对证人给予相应的经济补偿。证人出庭作证需要花费时间和实际支出费用，如交通费、误工费等已成为司法实践中不争的事实，但证人因参与诉讼而支出的费用是否应予补偿或由哪一个部门进行补偿，至今却无法律规定。由于法律没有明确，当证人因实际损失向司法机关提出给予经济补偿时，司法人员只能以出庭作证是公民应尽的义务进行搪塞或立法没有规定为由予以拒绝;如由辩护方支付时，又存在贿买证人之嫌，使证人的经济的经济利益得不到保护。
4、法律规定证人保护机关的职责不明。刑诉法第49条虽规定证人保护机关为法院、检察院和公安机关，但在刑事诉讼中，由于案情经过侦查、起诉、审判等不同部门的审查，使得证人作证往往处于不同的诉讼阶段。由于法律没有明确规定各诉讼阶段证人保护机关的职责，司法机关在证人保护问题上往往协作配合不到位，当证人因作证而受到各种威胁、侮骂、纠缠，向法院提出保护时，法院认为，证人作证已经结束，保护证人的职责理应由维护社会治安的公安机关或者提起公诉的检察机关承担，而公安、检察机关则认为，证人最终是向法院作证，保护证人的职责应由法院承担，证人的人身安全得不到切实保护。
正如的丹宁勋爵所说的“每个法院都必须依靠证人，证人应当自由地、无所顾忌地作证，这对执法来说是至关重要的;强迫证人作证的法律有责任保护证人免遭报复;采用一切可行的手段来保护证人是法庭的职责。”
1、设立专门的证人保护机关。国外一些国家专门设立了证人保护机关，美国在司法部专门设立了证人安全处。专门负责《证人安全方案》。我国刑事诉讼法中规定，我国证人保护机关是人民法院、人民检察院、公安机关。多机关保护产生的缺点是职责不明，三机关相互推委，最后谁也没有尽到保护证人的义务。我国应效仿国外通行的做法，设立专门的证人保护机构，由中央财政统一支出，同时又能缓解我国司法资源不足的现状。
2、建立一套具体的程序措施来推动证人保护。首先是证人保护制度的启动。证人保护制度必须由受到威胁的证人向证人保护机关提出申请，由证人保护机关审查是否给予证人予以保护。其次是证人保护的方式。综观各国立法，我国应从以下几方面来进行：第一对于普通刑事犯的证人，视危险程度采取不同的保护措施，不可能对一切证人均采取幅度较大的保护措施，那样，司法成本太高，也导致司法资源的浪费。第二对于“污点证人”即来源于有组织犯罪内部的证人，由于受到人身危害性比较大，除了在诉前对于该证人及其有切实利害关系的人采取严密的保护措施外，在诉讼结束后，视情况可以采取改名、整容、更换一切身份证明乃至移民等“人间蒸发”形式。另外应建立对证人的经济补偿制度，给与证人适当的补偿，这样不但能鼓励他们出庭作证，同时还可以缓解他们因作证而带来的生活困难。
3，加强对证人人身权、财产权保护。在实际生活中证人及其近亲属可能会因为作证而遭受危险，如果没有国家强制力的作用，证人完全是无能为力的。法律应该作出明确规定，以使证人在感到外在威胁来临时，能够据此及时请求有关机关的保护。证人出庭作证在某种程度上带有一定的公益性质，因此，证人因作证的合理支出应当得到一定补偿。
4，重新整合其生活，解决他们的后顾之忧。对于一些像毒品交易、恐怖活动、有组织犯罪等特大型案件的证人要特殊保护。采取诸如像为证人设计一个匿名的身份、帮助其在一个不会被认出的新的城市生活;为他们提供合理的工作机会、帮助寻找住房、提供变化了的证人及其家庭成员的身份资料、必要时提供心理医生、伦理咨询师和社会工作者等措施，让他们在作证以后能过上正常人的生活。
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