首先，公诉裁量权的行使决定着审判权的启动。刑事案件一旦发生，尽管相应的法院已经享有管辖权。但是，这种管辖权行使只有在检察机关提起公诉的情况下才能变成现实。
其次，公诉裁量权的行使决定着法院对特定案件审判权的消灭。在诉讼的过程中，检察机关可以通过撤回公诉行使公诉裁量权，从而导致法院对特定案件审判权的消灭。
最后，公诉裁量权的行使也决定着法院审判权对特定案件行使的范围。法院行使审判权的范围必须与公诉的对象保持同一性。对没有起诉的犯罪嫌疑人或罪行，法院无权行使审判权。公诉裁量权的行使之所以能决定法院对特定案件的审判权的启动、消灭和行使范围，这是由现代诉讼中的不告不理、控审分离原则所决定的。
在现代刑事诉讼中，要求控审分离，即实现不告不理，没有检察院的公诉，法院不得主动启动审判程序，而且法院审理的范围还必须与控诉的范围保持同一性，从而实现控诉与审判职能的分离与制衡。不仅如此，正是由于控审职能的分离，辩护职能的产生尤其是控辩平衡的实现才成为可能，从而最终实现了现代刑事诉讼以控审分立、控辩平衡为基础的控、辩、审三大诉讼职能为基础的诉讼结构。只有在这种三方诉讼结构的基础上，控、辩、审三方才能按照自己的意愿各自独立地追求自己的目标，才能使自己的行为与内心追求的目标和利益保持高度一致，从而有利于案件事实真相的发现，实现实体公正。
