记者在《办法》中看到，针对既有征地遗留问题，办法根据不同的时间节点分别对待，对于历史留用地问题的处理适用于2012年12月31日前，进入2013年之后的尚未解决的留用地问题均按新办法实施。市国土局相关负责人对此介绍，这也是为了保持政策的延续性，以及尊重既定历史周期的征地工作特点而实施。
面对历史留用地周期出现的权责和流转等争议，意见以2005年7月1日作为分界点区别对待。由于在这之前惠州还未发布征地留用地相关规定，因此，将按照征地协议约定实施。在征地协议中约定安排征地留用地的给予解决留用地，未约定的则不予办理。
针对约定协议可能出现的与现行征地留用地标准不符的局面，意见确定实施标准为，被征地区域村民选择国有建设用地作为留用地安置，征地协议约定留用地面积小于征地面积10%的按原比例安排，留用地面积大于征地面积10%的原则上按10%安排；集体建设用地的，征地协议中约定留用地小于10%按原比例，大于征地面积10%的原则上按12%安排；对于选择货币折算的，协议中约定比例小于征地面积10%的，在原比例的基础上增加5%，给予折算货币补偿；留用地比例大于征地面积10%，增加5%后大于15%的原则上按15%给予折算货币补偿。
在《惠州市土地征收暂行规定》发布后的2005年7月1日至2012年12月31日之间，在留用地面积比例上有不同标准，国有建设用地按实际征收面积的10%安排；集体建设用地按12%安排；折算货币补偿的则按实际征收面积的15%进行折算。
具体到安排留用地所需费用，意见以2007年7月1日作为区分筹措主体的时间。在此之前，选择国有建设用地作为留用地安置和选择集体建设用地作为留用地安置的，所有征收成本原则上均由村集体承担，而选择折算货币补偿的则由建设用地单位（或政府）承担。而在此之后，费用均由建设用地单位（或政府）承担。
