公告规定，两部门将对通关单实施联网核查。海关和出入境检验检疫局及其分支机构（出入境检验检疫机构）对法定检验进出口商品（法检商品），实行出入境货物通关单（通关单）电子数据与进出口货物报关单（报关单）电子数据的联网核查，进一步提高通关效率，实现严密监管.
公告规定：出入境检验检疫机构根据相关法律法规的规定对法检商品签发通关单，实时将通关单电子数据传输至海关，海关凭以验放法检商品，办结海关手续后将通关单使用情况反馈质检总局.
（一）通关单只能有效报关使用一次，企业应确保已申领通关单项下的进出口货物可一次性报关进出口。
如通关单签发后需要分成多票报关单报关的，企业应向出入境检验检疫机构申请拆分通关单。
（二）每份通关单所列的货物项数不能超过20项（含20项）。
（四）临时注册企业应向出入境检验检疫机构提供海关制发的临时注册编码。
公告规定，企业取得通关单后，进出口货物的经营单位或报检企业可通过中国电子检验检疫业务网（WWW.ECIQ.CN）查询通关单状态信息，状态信息分为“已发送电子口岸”、“电子口岸已收到”、“海关已入库”、“海关已核注”、“海关已核销”、“海关未能正常核销”、“通关单已过期”。状态信息注释详见公告附件。
（一）申报法检商品必须录入通关单编号，并且一票报关单只允许填报一个通关单编号.
（二）涉及加工贸易手册、电子帐册、减免税证明的进出口货物，企业选择海关备案数据填制报关单，报关单上法检商品的项号应与通关单项号一致。
（三）报关单涉及法检商品与非法检商品的，必须先录入法检商品，后录入非法检商品。
