一是从全过程角度系统规范突发环境事件应急管理工作。近年来，在各级政府、环保部门以及有关方面的共同努力下，突发环境事件应急管理工作有了长足的进步，但是仍然存在不系统、不规范的问题。《办法》在总结各地环境应急管理实践经验的基础上，以新《环境保护法》“第四十七条”为依据，从事前、事中、事后全面系统地规范突发环境事件应急管理工作，从根本上解决突发环境事件应急管理“管什么”和“怎么管”的问题。
二是构建了突发环境事件应急管理基本制度。《办法》围绕环保部门和企业事业单位两个主体，构建了八项基本制度，分别是风险评估制度、隐患排查制度、应急预案制度、预警管理制度、应急保障制度、应急处置制度、损害评估制度、调查处理制度。这八项基本制度组成了突发环境事件应急管理工作的核心内容。
三是突出了企业事业单位的环境安全主体责任。企业事业单位应对本单位的环境安全承担主体责任，具体体现在日常管理和事件应对两个层次十项具体责任。在日常管理方面，企业事业单位应当开展突发环境事件风险评估、健全突发环境事件风险防控措施、排查治理环境安全隐患、制定突发环境事件应急预案并备案、演练、加强环境应急能力保障建设；在事件应对方面，企业事业单位应立即采取有效措施处理，及时通报可能受到危害的单位和居民，并向所在地环境保护主管部门报告、接受调查处理以及对所造成的损害依法承担责任。
四是明确了突发环境事件应急管理优先保障顺序。《办法》明确了突发环境事件应急管理的目的是，预防和减少突发环境事件的发生及危害，规范相关工作，保障人民群众生命安全、环境安全和财产安全。《办法》将突发环境事件应急管理优先保障顺序确定为“生命安全”、“环境安全”、“财产安全”，突出强调了环境作为公共资源的特殊性和重要性，这也是《办法》的一大创新点。
五是依据部门规章的权限新设了部分罚则。对于发生突发环境事件并造成后果的，相关法律法规已多有严格规定，但在风险防控和应急准备阶段，《环境保护法》和《突发事件应对法》等有相关义务规定，但没有与之对应的责任规定或者规定不明。针对这项情况，《办法》依据部门规章的权限，针对六种情形设立警告及罚款。
