（一）商业秘密是一种财产权利，竞业限制是一种限制权利。商业秘密是一种特殊的无形的财产权，也即是知识产权。《反不正当竞争法》将商业秘密的主体称为“权利人”，显然是将商业秘密当作一种权利对待，《刑法》将侵犯商业秘密犯罪归入到“侵犯知识产权罪”的范围中去，并将侵犯商业秘密同侵犯注册商标权、专利权、著作权并列，无疑是将商业秘密视为知识产权。而且《刑法》将商业秘密的权利人成为“所有人”，表明权利人对商业秘密可以享有所有权。
竞业限制限制了劳动者的合法权利，由于离职员工不得从事与原企业相同或相似的行业，势必会导致员工无法利用这些谋生技能，限制了个人发展。但这并不表明竞业限制是违法的，因为通过协议约定限制了该员工的一部分就业权，即给员工设定了一项在一定时期内不得在约定的行业范围就业的义务，法律同时要求用人单位给予劳动者一定的经济补偿。
（二）商业秘密的保护是无期限的，竞业限制期限最高两年。《劳动法》第22条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守同一单位商业秘密的有关事项，是劳动者忠实义务的体现，即使在劳动合同终止后，按照《合同法》第92条规定的后合同义务，原职工有义务遵循信用诚实的原则保密。保密义务是一种不侵犯他人商业秘密的不作为义务。即使保密协议约定的期限届满，只要他人的商业秘密的秘密性尚未丧失，并不影响保密义务的延续；那种将保密义务的期间与保密协议或者主合同的期限划等号的观点是错误的，不利于商业秘密的保护。
竞业限制由于不允许员工离职后使用自己熟悉的经验、技能，会影响其生活的质量甚至生存。如果禁止期间规定的太长，超过了保护用人单位合法利益的必要限度，势必侵害劳动者的正当的劳动权。《劳动合同法》第二十四条规定，在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
（三）保护商业秘密可以是无条件的，竞业限制需要支付相应的对价。保守秘密是《劳动法》、《合同法》规定劳动者的义务，属于法定义务，这种法定的不作为义务目的是防止侵犯权利人的所有权，不需要支付保密费。即使约定保密费，一方未支付费用时，保密义务人也不能以欠费为由，违反保密协议而泄密。说到底，只要商业秘密处于秘密状态，义务人就永远遵守保密义务。保密协议的作用仅仅在与书面明确商业秘密的范围，同时可以约定违反保密义务的违约金，避免发生侵权行为后的损失数额的举证责任。
由于竞业限制员工所掌握的赖以谋生的知识、经验和技能不能发挥，极有可能不从事自己擅长的专业或所熟悉的工作，收入或生活质量降低在所难免，因此企业必须给予一定的经济补偿金。《劳动合同法》第二十三条规定：“对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金”。如果双方没有约定经济补偿或者企业没有支付，劳动者可以催告用人单位协商并支付经济补偿，用人单位拒绝支付经济补偿，劳动者可以撤消则该条款；其次，竞业限制必须慎重，约定的范围必须准确，如果任意扩大竞业限制的范围，损害了员工的劳动权、择业权，法院就会以违法宪法权利为由，确认竞业限制协议无效。
（四）商业秘密与竞业限制的产生条件和举证责任不同。
商业秘密基于法律直接规定而产生，或者基于劳动合同的附随义务而产生，不管当事人是否有明示的约定，员工在职期间和离职以后，均承担保守企业商业秘密的义务；而员工的离职竞业限制义务，是基于当事人之间的约定而产生，没有约定则没有义务。
违反保密的行为往往是以隐蔽方式进行的，企业不容易举证，诉讼的难度较大。而违反竞业限制的行为，因为就职于竞争企业或自营竞争性业务，则是外在易见的事实，举证较易。
综上，商业秘密权利的产生来自与法律的直接规定，其效力完全取决于商业秘密的保密性，一旦秘密公开即丧失。换言之，只要商业秘密处于秘密状态，义务人就要永远保密；而竞业限制的效力，取决于协议双方约定的时间及地域范围以及支付对价款的情况而定，法律规定的竞业限制 期限最长为两年。义务人违反竞业限制并不必然违反保密条款，而义务人竞业限制期满，也不影响继续保守商业秘密的义务。
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