工伤认定主要难在哪里?来自劳动部门的负责人一针见血地指出，没签劳动合同，认定耗时长程序复杂，法律意识薄弱，企业无德等是造成“让受伤者流血又流泪”的主要原因。与签订了劳动关系的正规用工相比，非法用工工伤认定就更难。
对于工伤类劳动争议案件，目前法律程序是，如果劳动关系不明确，先要经劳动仲裁确认劳动关系，才能申请工伤认定。如果用人单位拒绝赔偿，劳动者还要经仲裁、诉讼程序索要工伤赔偿。来自山东省临沂市兰山区法院的数据显示，该院每年审理工伤诉讼案件四五十起，其中以农民工居多。行政判决下达后，双方还要经过劳动仲裁以及工伤赔偿的民事诉讼。如果案件比较复杂，将维权所有程序走一遍，大概要耗时3年9个月左右，最长可达6年以上。很多单位采取拖的办法，想方设法走完所有可以走的程序，最后农民工因为拖不起而不了了之。
据山东省总工会法律工作部的负责人介绍，证明自身与工作单位的劳动关系是进行工伤认定的首要条件，若是连劳动关系都无法证明，工伤认定将无法进行，“这个问题在非法用工市场普遍存在，由于与用人单位未签订劳动合同，因此，要想证明自己与用人单位的关系并不是件易事。”
济南市总工会的统计数据显示，今年上半年该市共有近200名职工到工伤部门申报工伤认定，但其中只有52人能提供劳动关系证明。
工伤赔偿主体的确定也是非法用工市场工伤认定的一大难题。劳动部门有关工作人员介绍，按照现行《劳动法》规定，用人单位必须首先具备用人资质，即必须是用人单位而非个人。但现实中，大量没有营业执照而以用人单位名义招用农民工的非法用工主体大量存在。
山东省人力资源和社会保障厅的调查显示，全省大约70%以上的工伤争议来自未参保企业。该厅工伤保险处负责人告诉记者，部分企业主为了节省费用，而不给职工买保险，尤其是流动性较大的农民工，更是很难获得这部分权益。该负责人还认为，除了没有完善的手续外，用工单位违法成本低是一个重要因素，即便农民工赢了，获得的赔偿可能仍然不多，甚至还不够支付维权的费用。
法治观念淡薄也为工伤认定设置了许多障碍。许多农民工来自农村，法律知识欠缺，在发生工伤事故后，或与用人单位私了;或一拖再拖，延误了工伤认定时机;或为了保住工作，忍气吞声。结果是便宜了企业主，害苦了自己。
企业对工伤事故处理缺乏人情味也是主要原因。工伤事故发生后，一些企业首先考虑的是自身利益，缺乏对伤残员工的同情心、关爱心。在对工伤职工救治时，总想费用低一些，治疗时间短一些。在工伤待遇的赔偿上，总是找各种借口拒绝承担赔偿责任，特别对一些因工伤残的外地农民工，有的仅付一两千元钱就打发走人，有的甚至对工伤职工进行威胁恐吓。
