北京大学法学院教授盛杰民认为，此次《指南》明确列出反垄断执法中违法所得的认定标准，以及处罚罚款的比例确定准则，对于提升我国反垄断执法的透明度水准无疑具有重大意义。在执法过程中，有关部门应当严格遵守《反垄断法》，增加执法的公开和透明性，使得被调查者有明确预期。《指南》所明确的违法所得及罚款认定规则的出台，有利于约束执法部门的自由裁量权。
对于在业内一直争议良久的违法所得认定尺度问题上，《指南》明确提出了综合考虑因实施垄断行为导致的相关商品价格变化、销售量变化、经营者在相关市场的份额变化、经营者的利润率变化以及行业特点等因素，必要时借助经济学方法进行分析。对此，上海交通大学竞争法律与政策研究中心主任王先林教授认为，反垄断的复杂性在于垄断行为本身具有复杂多变的特性，垄断(特别是纵向垄断)所引起的经济后果也不是单向的，而是好坏交织。因此，垄断的界定必须从法律和经济两个层面进行，它不像其他性质的经济案件那样容易判定合法或违法。从世界范围看，经济学分析已经成为反垄断立法和执法过程的基础，所有判决都遵循“合理原则”。经济分析在反垄断实践中的不可或缺，既让反垄断变成一项极为专业的工作，而且还使其受到经济思想、经济理论发展的直接影响，界定违法与否具有较大的自由裁量空间。
根据“指南”规定：反垄断执法机构根据垄断行为的违法程度，在法定幅度内进行调整，确定最终罚款比例。对此律师魏士廪认为，该项规定仍然保留了反垄断执法部门较高的自由裁量权。是执法过程中，这是最易引起争议的地方，但同时这也是考验执法部门能否公平服众的关键。在世界范围内，反垄断调查极其复杂和繁琐，一般一个案件往往耗费极大的人力和时间。欧盟对微软的垄断调查前后长达10年。各国反垄断执法机构在反垄断法颁布初期，实际执法的案例都很少。这是因为，在反垄断执法过程中，不仅对事实认定要证据充分，裁量得当；更需要谨慎界定维护市场竞争与市场自由和企业创新之间的关系。因此对于执法机构来说，公正、透明地实施法律赋予的自由裁量权尤显重要。
