程序制度是反垄断法的重要组成部分，这是由反垄断法乃至经济法的综合性特点所决定的。就禁止联合限制竞争行为制度来说，程序制度也是不可或缺的。这种程序制度一般是围绕有关共同行为的豁免来展开的。
在欧共体，为了实施有关竞争法的实体规范，理事会制定了有关的程序规范，第17/62号法规是其中的重要规范。它规定对实质不违反《欧共体条约》第85条与第86条行为的违法否定(Negative Clearance)的申请认定程序和对根据第85条第3款规定申请豁免的批准程序。获得《欧共体条约》第85条第3款所述的豁免有两种方式。第一种是个案申报(individual notification)方式，由有关方面就协议向欧共体委员会主管机构提出一份申请，请求委员会认定所申报的协议是否会触犯竞争法。申报应当在协议实施之前提出，所提交的文件应当包括一份请求获得豁免的请求书、协议的文本以及相关信息。第二种是整批豁免或集体豁免(block exemption)方式，它不是应有关方面的申请，而是由欧共体委员会主动作出的一种公告。这样的公告从总的特点和类型方面告知公众，哪些协议是不必申报的，哪些协议会引起委员会的关注，最好予以申报。整批豁免建立了三种类型的清单(list)，分别称为白色清单、灰色清单和黑色清单。其中，列入白色清单的限制性条款被认为不会对竞争产生限制性影响，不属于《欧共体条约》第85条第1款禁止的范围，因而涉及这类限制性条款的协议不必予以申报。列入灰色清单的限制性条款会对竞争产生一定的限制作用，从行为本身来看属于第85条第1款禁止的范围，但是根据已有的实践来看，包含有关条款的协议经过申报后，欧共体委员会在大多数情况下不会得出不利的结论。列入黑色清单的行为是明显触犯第85条第1款规定的行为， 这样的行为既不包含在整批豁免的范围之内，一旦提出个案申报也基本上没有获得豁免的可能性。
通过一般禁止之下的个别和集体豁免机制来实现保护竞争的原则要求与合理商业需要之间的平衡，并由此增强法律的确定性，是欧共体竞争法体制的鲜明特色。基于欧共体法(以及德国法)与前述美国法上对从事限制竞争行为的规制方式的差异，国际上曾流传着一个笑话：在美国，企业如果有意从事约定价格或瓜分市场的行为，绝对不可告知政府，否则一定会有刑事处分;而同样的企业在欧共体或德国如要从事同样行为，最好告知政府，否则才有违法的责任。[12]
台湾“公平交易法”也明确规定了“中央”主管机关许可有关联合行为申请的程序。在作出这种许可时得附加条件、限制或负担。许可应附期限，其期限不得逾三年;事业如有正当理由，得于期限届满前三个月内，以书面向“中央”主管机关申请延展;其延展期限，每次不得逾三年。联合行为经许可后，如因许可事由消灭、经济情况变更或事业有逾越许可之范围行为者，“中央”主管机关得撤销许可、变更许可内容、命令停止、改正其行为或采取必要更正措施。
上述“草拟稿”也分别规定了有关协议的申报、协议的批准、协议批准的撤销或修改以及批准的公告等程序方面的内容。其内容是：“经营者之间订立协议，难以判断是否适用第八条第二款规定的，可以向国务院反垄断主管部门提出申请。”(第9条)“经营者提请批准协议，应当在协议订立之日起15日内提交下列文件：(一)协议;(二)申请报告;(三)参与协议的经营者的基本资料。”(第10条)“国务院反垄断主管部门应当在收到规定的文件之日起60个工作日内对经营者申报的协议作出批准或者不批准的决定。预期不批复的，视为同意。国务院反垄断主管部门批准协议时，应当规定有效期限，并可以附加限制条件。”(第11条)“协议经批准后，由下列情形之一的，国务院反垄断主管部门可以撤销批准、修改批准内容、责令经营者停止或者改正其行为：(一)经济情势发生重大变更的;(二)批准事由消灭的;(三)经营者违反了批准决定附加义务的;(四)批准决定是基于经营者提供的虚假信息作出的;(五)经营者滥用豁免的。如出现(三)、(四)、(五)项情形，撤销决定具有溯及力。”(第12条)“国务院反垄断主管部门根据第十一条、第十二条作出的决定，应当在指定报刊上公告。”(第13条)显然，以上规定是借鉴有关国家和地区的做法，并结合我国的实际情况而作出的，基本上是恰当和可行的。但是，由于联合限制竞争行为一般难易被执法机关主动发现，因此从法律上规定分化、瓦解参与共同行为企业的有效激励措施和相应的程序规则是很有必要的。正像在美国反托拉斯法的奖励政策下，今天密谋操作价格的同伙，明天就可能急于与政府合作，争取宽大处理。
由于联合限制竞争行为的反竞争性明显，因而其依据反垄断法所受到的处罚往往也是非常严厉的。例如，美国司法部指控瑞士的霍夫曼—拉罗歇公司、德国的巴斯夫公司和法国的罗纳—普纳公司结成卡特尔，人为地抬高了维生素价格，极大地损害了美国消费者的利益，1999年美国法院对霍夫曼—拉罗歇公司处以5亿美元罚款，对巴斯夫公司处以2.5亿美元罚款，德国的罗纳—普纳公司因积极配合美国司法部对秘密定价的调查才被免于起诉，1999年5月20日，瑞、德的两家公司已向美国达拉斯地方法院承认了对它们的指控，并表示愿意支付罚款以了结公司官司。其中瑞士的霍夫曼—拉罗歇公司1997年就曾因操纵柠檬酸价格而被罚款1400万美元，80年代曾在欧共体法院因反竞争行为被起诉和制裁。[13]又如，欧盟委员会于2000年初宣布对美国ADM等5家公司合谋操纵世界食品添加剂市场价格的行为课以总额为1.1亿欧元的罚款。该委员会经过4年的调查证实，美国ADM等5家公司从1990年7月至1995年6月，不仅操纵世界市场上的赖胺酸价格，而且通过互换信息、确定销售限额等方式，垄断了国际市场上的赖胺酸销售。在受处罚的5家公司中，美国ADM公司是其中最大的一家，因此被课以4730万欧元的罚款。日本味之素公司的罚款金额为2830万欧元，另外3家韩国公司也被课以数额不等的罚款。
而上述“草拟稿”第34条对联合限制竞争行为所规定的制裁措施是：“违反本法第八条规定的，国务院反垄断主管部门应当责令其停止违法行为，并可处以500万元以下的罚款。” 与其他国家和地区的规定相比，这里的制裁措施就显得力度不够，手段也比较单一。特别值得注意的是，该条关于联合限制竞争行为所规定的制裁措施(最高罚款额为500万元)还没有后面关于滥用市场支配地位行为和不当企业集中行为所规定的制裁措施(最高罚款额为1000万元)严厉，这无论是从该行为本身的性质来看还是从与其他国家规定的比较来看都是不够恰当的，应当加以调整。
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