1.发票抵扣问题。公告第一条第一款明确，自2012年1月1日起，一般纳税人提供货物运输服务，统一使用货物运输业增值税专用发票和普通发票，不得开具公路、内河货物运输业统一发票，包括不得开具红字公路、内河货物运输业统一发票。该规定是对《国家税务总局关于营业税改征增值税试点有关税收征收管理问题的公告》(国家税务总局公告2011年第77号)相关精神的重申。需要提醒企业的是，一旦企业违反上述规定，开具了公路、内河货物运输业统一发票，按照《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》要求，原增值税一般纳税人一律不得作为增值税扣税凭证。
2.过渡期红字发票使用问题。公告第一条第二款明确了红字发票的开具问题。公告称，对2011年12月31日前，试点纳税人提供改征增值税的营业税应税服务并开具发票后，需开具红字发票的，应开具红字普通发票，不得开具红字增值税专用发票和增值税普通发票。对于需重新开具的，应开具普通发票，不得开具增值税专用发票(包括货物运输业增值税专用发票)。该规定解决了“营改增”过渡期发票如何开具的问题。按照之前下发的《财政部、国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》(财税[2011]133号)的规定，试点纳税人提供应税服务在2011年底前已缴纳营业税，2012年1月1日后因发生退款减除营业额的，应当向主管税务机关申请退还已缴纳的营业税。公告就此明确，此种情形应开具红字普通发票，不得开具红字增值税专用发票和增值税普通发票。需要重新开具的，应开具普通发票，不得开具增值税专用发票(包括货物运输业增值税专用发票)。
3.过渡期留存地税局监制普通发票使用问题。为保障改革试点平稳过渡，国家税务总局公告2011年第77号规定，上海市试点纳税人发生增值税应税行为，需要开具除增值税专用发票(包括货运专用发票)和增值税普通发票以外发票的，在2012年3月31日前可继续使用上海市地税局监制的普通发票，但具体使用范围及对象没有明确。为此，公告第一条第三款明确，对认定为从事货物运输的一般纳税人、并开具给个人的，在2012年3月31日前可继续使用上海市地税局监制的普通发票，但不适用增值税一般纳税人(按规定仍须缴纳营业税的除外)。
4.根据《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十四条的规定，接受的旅客运输服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。因此，公告第一条第四款明确，对经营旅客运输服务的一般纳税人，可开具增值税普通发票或上海市国税局通用机打发票。
