宪法层面缺少对税收法定原则的规定。宪法层面对纳税人权利的保护主要体现为对税收法定原则的规定。税收法定原则作为税法的基本原则是税收法治的核心，对纳税人权利保护具有极其重要的意义，世界上大部分国家都将其规定在本国宪法性文件中，但是我国宪法却没有这方面的规定。我国税收行政权对立法权的严重侵蚀正缘于此。
税收法律对纳税人权利的保护不完善。《税收征管法》虽然规定了一些纳税人的权利，但还不系统、不完整。如诚实推定权、平等对待权，目前仅仅可以从一些法律条款中推定出纳税人有这样的权利，纳税人根本就无从知晓，所以也就无法自我保护或者寻求救济。
行政权侵蚀立法权。与税收法治发达国家庞杂的税收法律相比，我国的税法体系中目前真正称得上法律的只有三部——《个人所得税法》、《企业所得税法》、《税收征管法》，其他都是以行政法规、规章或者更低层级的规范性文件的形式出现的。大量行政性规定对高级次的税收法律的取代，表现出的是行政权对立法权的严重侵蚀。
一、税收行政程序不完善。税收行政程序不完善主要体现在两个方面，一是有些纳税人权利没有相关程序的保障。在税收法律没有对税收行政程序进行规制的情况下，国家税务总局也没有制定行政程序规则，税收程序制定权事实上成为各级税务机关的自由裁量权，导致纳税人权利的实现存在不确定性。二是在国家税务总局制定的行政程序规则中，没有落实税收法律规定的纳税人权利。比如2005年10月1日起执行的《税收减免管理办法（试行）》，没有规定在作出不予减免的决定（事实上，该文件对于不予减免的是否必须作出书面决定都没有明确规定）前，向纳税人告知以及纳税人陈述申辩的程序。
二、向税务机关下达税收任务与保护纳税人权利在价值取向上存在矛盾。由于税收占财政收入的比重越来越大，各级政府特别是基层地方政府为满足财政支出需要，根据财政预算下达远远超过经济增长速度的税收任务，并以税收任务的完成情况作为评价税收工作的主要指标，税务机关迫于压力，不得不将完成收入作为其最重要的价值取向，以组织收入为目的的税务检查等现象广泛存在，以管制为出发点的繁琐税收程序大行其道。
三、税务机关的维权制度不完善。国家税务总局成立纳税服务司以后，各地陆续成立了纳税服务专职机构，并按照国家税务总局要求将维权服务的职责赋予纳税服务专职机构。但是就全国范围而言，没有一个权威的、明确的对维权服务内涵和外延的界定，维权服务的职责及其内容尚未确定，维权服务的机制尚未建立，维权服务与其他纳税服务工作、其他税收行政工作之间的关系还没有理顺。从根本上说，还没有形成一套统一的、全面的、可操作的维权制度。
四、对纳税人权利的宣传不足。纳税人权利在立法体例上是分散的，而且有些权利还是通过综合多部法律或一部法律的多个条款才能推导出的，所以纳税人要清楚地了解自己有哪些权利，必须具备较高的税收和法律专业素质，这显然对纳税人来说是一个不合理的要求。税收宣传往往关注税收实体法及相关政策方面，对《税收征管法》等程序法多是简单的照本宣科式的宣传，几乎没有将纳税人权利作为一个专题向纳税人作全面、细致的解释。因此，纳税人对权利的知晓度较低，直接导致了纳税人整体上维权意识不强，对行政程序的参与度不足。
对纳税人权利的保护主要有立法保护、行政保护和司法保护，税务机关作为税收行政机关，提供的是行政保护。
一、制定纳税人权利保护的规章。在法律、行政法规对纳税人权利的保护尚不完善的情况下，国家税务总局可以通过制定纳税人权利保护的规章，统一规制全国税务机关的纳税人权利保护工作。规章的内容至少应当包括纳税人的权利、义务及其内容，税务机关纳税人维权机构的设置及其职责、纳税人权利的行政救济程序和司法救济途径等。该规章不仅应当把法律已经明确规定的纳税人权利集中起来，而且应将纳税人的推定权利或者法律中以税务机关义务的形式表述的纳税人权利明确规定下来，如诚实推定权、程序选择权、仅支付正确税额权、被告知权等。同时，还应吸纳西方先进国家的经验，对我国法律尚未有规定、也不能通过现有法律推定、而纳税人应当享有的权利作出规定，如事先裁定权。在纳税人权利的内容方面，应当扩充和完善。
二、制定税收行政程序规则。如果说纳税人权利保护规章是正面确立纳税人的权利，那么税收行政程序规则则是从税务机关义务的角度，通过规范税务机关实施行政行为的方式、过程、步骤、时限等方面保护纳税人权利。目前我国尚未制定统一的行政程序法和税收程序法，在条件成熟的情况下，建议国家税务总局以规章形式制定税收程序规则，目前至少应当以适当形式明确税收行政程序的基本原则，作为各级税务机关行政的准则。至于税收行政程序应当遵循的原则和要求，应当以国务院《全面推进依法行政实施纲要》为依据，与税收行政程序的特殊原则和要求相结合。
四、通过制度禁止“收入导向”的税收行政，确立“服务导向”。美国为了防止税务机关因追求税收收入而侵害纳税人权利，立法禁止税务机关依据雇员收取之税收额来评估雇员的价值。鉴于我国普遍存在的地方政府通过收入目标的形式对税务机关行政的过度干涉，国家税务总局可借鉴美国的做法，明令禁止税务机关内部以收入作为考核评价部门或下级税务机关的行政绩效的依据，并且要在职权范围内采取一切可能的方式对违规者进行责任追究，同时将这些条款作为纳税人权利保护规章的组成部分，向纳税人公开，让纳税人监督。
五、建立全国统一的纳税人维权机构。纳税人认为权利受到损害向税务机关寻求救济的途径可以概括地分为两类，一类是正式的救济途径，包括提起行政复议和请求国家赔偿；一类是非正式的救济途径，主要有投诉、举报、检举、控告等。这里所说的需要建立的纳税人维权机构是指向纳税人提供非正式救济的机构。必须说明的是，纳税人维权机构职责并不限于应纳税人的请求提供救济，还应包括依据法律、行政法规、规章所实施的主动维护纳税人权利的工作，主要有对税收规章和规范性文件的审查和评估，对税收征收、管理、检查、复议等部门的行政行为的监督，收集纳税人的意见和建议等。纳税人维权机构应当是纳税服务专职机构或设于纳税服务专职机构内，并应将目前散落于税务机关其他部门的维权职责集中由其行使，如除了廉政、税务违法案件举报以外的各类投诉举报的受理和处理。
税务机关保护纳税人权利还应做好以下几个方面的工作：
一是加强纳税人权利方面的宣传。可以参照澳大利亚的《纳税人宪章》（并非法律，由澳大利亚税务局制定，对于纳税人是行政指南，对税务职员是行动准则）的形式编制纳税人权利指南，广泛告知纳税人其所享有的权利和应当履行的义务，并对相关法律条文作全面、精确的解读，帮助纳税人理解和掌握。
二是深化改革优化税务流程。深化行政审批制度改革，进一步减少和规范行政审批事项，简化税务行政流程，实现从审批型税务机关向服务型税务机关的转变，但是应注意不要因此限制或剥夺纳税人的程序权利。
三是发挥税务代理机构的积极作用。税务机关应当引导税务代理的发展，强调税务代理人在保护纳税人权利中的作用。
四是引导纳税人成立代表其权益的组织。在税收征纳过程中，与行使征税权的税务机关相比，纳税人处于相对劣势的地位。因此，在很多情况下，单靠纳税人个人的力量，还难以有效维护自身的合法权益。在这方面，可借鉴国外的做法，成立维护纳税人权益的自治组织——纳税人协会。纳税人协会可以为纳税人提供咨询意见，在税收征纳过程中帮助纳税人依法履行纳税义务和行使税收权利，监督税务机关的行政行为，并可以代表纳税人利益参与到税收立法过程。需要注意的是，税务机关可以在成立纳税人协会过程中起协助和推动的作用，并在其成立后与之保持平等的沟通和对话，同时应尊重其代表纳税人利益的民间自治组织的地位，不得参与或干预其内部管理事务而使之成为附属于税务机关的半官方或官方组织，否则这个组织也就没有存在的必要了。
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