《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》(国税函〔2010〕39号)于日前发布，建筑企业重复纳税在此规定出台后，有望解决。
跨地区经营建筑企业的所得税征管问题在《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例、《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则、《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》(国税发〔2008〕28号)文件出台后被再次提及和规范。
而且，本次规范更有加强的意味，“各地税务机关自行制定的与本《通知》相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正;对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。未按本通知要求进行纠正的，税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。”笔者就该政策应注意的几个问题提示如下：
国税函〔2010〕39号文件规定：实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行国税发〔2008〕28号文件规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。其中：“统一计算”就是建筑企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额和应纳税额。也就是说，跨省市设立分支机构的企业，应汇集各分支机构的收入、成本、费用等，统一计算应纳税所得额和应纳税额，如果总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别计算应纳税所得额和应纳税额，分别按适用税率缴纳。
“分级管理”就是指建筑企业总机构、分支机构，分别由所在地主管税务机关按属地原则进行监督和管理。建筑企业总机构、分支机构的所在地主管税务机关都有监管的责任，都要办理税务登记并接受所在地主管税务机关的监管。
“就地预缴”就是为兼顾总机构和分支机构所在地的利益关系，建筑企业总机构和分支机构应分别在当地按月或按季预缴税款，具体方法是：总机构根据企业本期累计实际经营成果，统一计算企业实际利润额、应纳税额。将总机构计算的应纳税额分成相等的两部分，50%由总机构缴纳，另外的50%由分支机构缴纳。如果一个总机构下设多家分支机构，则再由各分支机构按照一定的比例计算自己应在当地缴纳的税款，各分支机构的分享比例按照各自的经营收入、职工工资和资产总额3个因素以及0.35、0.35、0.3的权重计算得出。具体的计算公式如下：某分支机构应分摊预缴额=所有分支机构应分摊的预缴总额×该分支机构分摊比例，所有分支机构应分摊的预缴总额= 统一计算的企业当期应纳税额×50%，该分支机构分摊比例=(该分支机构经营收入/各分支机构经营收入总额)×0.35+(该分支机构职工工资/各分支机构职工工资总额)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30。
在此需要注意几个问题：一是分支机构经营收入，是指分支机构在销售商品或者提供劳务等经营业务中实现的全部营业收入。分支机构职工工资，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予职工的各种形式的报酬。
分支机构资产总额，是指分支机构拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额。
为简化数额确定，各分支机构的经营收入、职工工资和资产总额的数据均以企业财务会计决算报告数据为准。
二是这里的资产不包括无形资产，因为无形资产不可能属于哪个分支机构。
三是这里提到的总机构的应纳税额是根据实际经营成果计算，而不是根据上年度应纳税所得额的一定比例计算。同时，企业在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。以上公式中分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按上述方法一经确定后，当年不作调整。
“汇总清算”就是建筑企业总机构应在年度终了后5个月内，依照法律、法规和其他有关规定进行纳税企业的所得税年度汇算清缴。统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。其中，当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具《税收收入退还书》等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。
“财政调库”就是在坚持目前所得税由中央和地方按照60：40的比例分享的前提下，对由总机构缴纳的部分税款，不是在中央与总机构所在地之间分配，而是由财政部在全国各地之间进行分配。具体办法如下：将建筑企业总机构在其所在地缴纳全部税额的50%分成相等的两部分：应纳税总额的25%就地办理缴库，所缴税款由中央与总机构所在地按照60：40分享;应纳税总额另外的25%由总机构全额缴入中央国库，所缴纳税款的60%为中央收入，40%由财政部按照2004年至2006年各省市3年实际分享企业所得税占地方分享总额的比例定期向 各省市分配。如果某分支机构因适用税率与总机构不一致而单独计算应纳税额的，其应纳税额也不是在该分支机构所在地缴纳，而是按照国税发〔2008〕28号文件规定的办法在总分机构之间分配。
由于一些大公司的层级多，如果层层预缴会使操作过于复杂，所以，国税发〔2008〕28号文件规定总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税，三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
同时，对总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。
各地根据税务总局上述文件出台了相应的管理办法，有的规定异地施工的建筑企业代开建筑业发票时，按开票金额的一定比例附征企业所得税;而企业所得税汇算清缴时，机构所在地税务机关对于建筑企业异地缴纳的这部分企业所得税又不认可，导致了建筑企业重复纳税。
对此，国税函〔2010〕39号文件明确，建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部(包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同)，应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发〔2008〕28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
也就是说，建筑企业跨地区设立的项目经理部，凡不符合二级分支机构条件的，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到总机构或者二级分支机构，统一缴纳企业所得税。而且，根据国税发〔2008〕28号文件规定，具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。企业计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。
