要弄清税务检查与税务稽查的区别，首先要明确税务检查与税务稽查的概念。按照国家税务总局征收管理司编著的《新税收征收管理法及其实施细则释义》的解释，税务检查，是税务机关以国家税收法律、行政法规为依据，对纳税人、扣缴义务人履行纳税义务和扣缴义务的情况进行检查和处理的总称；税务稽查，是税务检查的一种，是指税务稽查机构的专业检查。从概念上可以看出，税务检查包括税务稽查。
具体区别税务检查和税务稽查，应把握以下几个方面：执法主体不同。按照《税收征管法实施细则》第九条的规定，税务稽查的主体是省以下税务局的稽查局。而《税收征管法》第五十四条规定：“税务机关有权进行下列税务检查”，此条明确规定了税务机关是税务检查的执行主体。同时，《税收征管法》第十四条规定，本法所称税务机关是指各级税务局、税务分局、税务所和按照国务院规定设立的并向社会公告的税务机构。所谓按照国务院规定设立的并向社会公告的税务机构，《税收征管法实施细则》第九条对此作出解释：税收征管法第十四条所称按照国务院规定设立的并向社会公告的税务机构，是指省以下税务局的稽查局。从以上规定中可以看出，税务稽查的主体只能是税务稽查局，而税务检查的主体包括稽查局和其他税务机关。
执法对象不同。《税收征管法实施细则》第九条规定，稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处。可见，税务稽查的对象是涉嫌偷逃骗抗税的纳税人和扣缴义务人，目的是查处税收违法案件；税务检查的对象主要是在税收征管活动中有特定义务或需要，或者在某一环节出现问题的纳税人、扣缴义务人，既具有检查的性质，又具有调查和审查的性质，目的是为了加强征管，维护正常的征管秩序，及时发现和防止重大、特大案件的发生。
执法案源不同。税务稽查的案件来源主要有：采用计算机选案分析系统进行筛选的案件；根据稽查计划筛选或随机抽样选择的案件；根据公民举报、有关部门转办、上级交办、情报交换的资料确定的案件。税务检查的案件来源主要有：在税收征管的各个环节中对纳税人情况的审查，或者是按照税法或实际情况的需要对纳税人的情况进行检查的案件，如对停歇业纳税人进行的调查核实。
执法权限不同。稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处，对纳税人未按规定办理税务登记、未按规定设置账簿、未按规定安装税控装置等其他违法行为则没有处罚权，只能由赋予处罚权限的税务局、税务分局、税务所进行处罚。
税务检查与税务稽查既有一定的区别，又有一定的联系。通过税务检查，发现有偷逃骗抗税违法嫌疑的，及时传递给稽查部门，为稽查部门提供案件来源；通过税务稽查，将发现的问题及时传递给征管部门，以便征管部门及时采取措施加强管理，提高征管质量。认为税务检查只能由稽查部门实施，征管部门没有税收检查权，或者将税务检查与税务稽查割裂开来，都是不正确的。
