某税务检查组到生产化肥的某公司进行检查。该公司生产化肥的主要原料是硫磺、磷矿石、氯化钾和液氨，主要产品是各种复合肥，属增值税免税项目；副产品有盐酸、磷石膏等，属增值税应税项目。根据税收分析预警系统提示，该公司的主要问题是运费抵扣占比过高、税负较低。公司财务科长解释道，公司购进原材料及运费的进项税额全额抵扣，然后按免税产品在全部销售额中所占的比例计算出不能抵扣的进项税额，作进项税额转出处理。由于应税产品占全部销售额的比例非常小，所以增值税税负较低。
检查组分析，免税产品比例高，进项税额转出的就多，副产品没有专门的进项，税负应该比较高。而该企业税负低，则在进项税额上可能存在多抵扣或者少转出的问题。税法规定，直接用于生产应税产品的进项税额可以全额抵扣，直接用于生产免税产品的进项税额全额不能抵扣。分不清楚的，按销售额的比例计算。问题的关键在于原材料投料时，哪些混用，哪些能分清。为把问题弄个水落石出，刘组长要求该公司提供生产工艺流程。该公司财务科长开始说没有生产工艺流程图，后来又提供了一张由技术人员临时绘制的草图。但通过这张草图，仍无法弄清产品投料、生产工序，更无法确定进项税额属性。
既然化肥生产是一个化学反应过程，那么化学方程式最能还原化肥生产过程。于是，刘组长通过看书、上互联网、向化学老师请教，终于理清了化肥生产的化学反应过程。
刘组长简要绘制了一幅流程图，并附上化学反应方程式。根据化学反应的原理，外购的硫磺（S）是用来生产硫酸的，硫酸和外购的红钾、白钾（主要成分为氯化钾，KCl）发生反应，生成硫酸氢钾（KHSO4），放出氯化氢气体（HCl）；硫酸氢钾用于进一步生产化肥，氯化氢冷却后即是副产品盐酸。磷矿石（S）制造磷酸（H3PO4），磷酸和外购液氨（NH3）反应生产出各种复合肥，同时产生下脚料磷石膏等。
刘组长指出，硫磺的投料是整个生产过程的起点，氯化钾次之，反应后生成硫酸氢钾和盐酸，盐酸的生成在整个生产工艺中相对独立，所以这两种原材料及运费的进项税额属于无法划分的，应该按公式计算分离；磷矿石和液氨用于生产增值税免税产品复合肥，虽然产生的副产品磷石膏是增值税应税产品，但该公司按废弃物处理，没有销售收入，从而导致磷矿石和液氨这两种原材料及运费的进项税额全额不能抵扣，而不应该参与上述公式的分离计算。
该公司的负责人和财务科长同意检查组的处理意见，并按照检查组的要求，重新计算了不能抵扣的进项税额和应予以进项税额转出的税额，补缴了税款和滞纳金。
在上述案例中，检查人员灵活运用化学知识，对化工企业比较抽象的化学反应过程，通过相应的化学反应方程式使其投入、产出过程明朗化，再结合政策文件规定，从细处入手，理清企业生产脉络，找准企业增值税核算的软肋，堵住企业利用税务人员不懂化工企业生产流程和关键技术而逃避缴纳税款的漏洞，促使企业规范财务核算管理，提高纳税申报质量。这一案例说明，无论是实施税务稽查还是进行税源监控管理，了解甚至掌握企业的生产工艺流程是至关重要的。对企业的经营概况一知半解或一无所知，看账查账只能是雾里看花、水中望月，查出的问题也只能是表面上的，或者是企业会计人员故意留下的。
