这是一个上市公司收购的真实案例，为了避免纠纷，隐去公司名字。本案例只讨论所得税问题，忽略交易中的其他税。情况介绍如下：
甲公司为房地产上市公司，收购了某港资公司持有的A公司100%股权。A公司为房地产开发公司，有一个楼盘两期开发项目，一期于2005年销售完毕，二期2007年12月开工，预计2009年7月竣工，投资总额1亿元。2007年12月31日。A总资产6000万元，净资产5000万元，应收账款4000万元，2007年主营业务收入5000万元。主营业务利润-10万元。
根据评估公司的评估，该公司总资产1.1亿元，总负债1000万元，净资产1亿元，总共增值5000万元，增值率100%。2008年2月，甲上市公司以评估价格直接收购港资公司持有的A公司100%股权。据甲公司测算，该项目二期可实现销售收入3亿元，实现税后净利润8000万元。
此案例中，上市公司原来按公允价值（评估价格）收购，港资公司（其实为上市公司所控制）首先交股权转让的所得税，项目公司A被吸收合并，按税法规定吸收合并视作子公司按公允价值出售转让全部资产。所以A公司应按增值部分交所得税。A避免不了这块所得税，相当于上市公司要就增值部分交两次税（合并报表）。收购成本增加了这部分所得税5000×30%=1500万元。
鉴于此，相关专业人员给出了以下两种操作方式（所得税所占比重较大，避税设计先考虑所得税，暂不考虑其他税种）。
上市公司甲以账面价值收购香港公司所持股权，然后项目公司A与原股东港资公司签补偿协议——补给原股东5000万元，理由称是其持有期间的增值，当然实际上是由上市公司出钱，但表面是由项目公司出，所以项目公司可把此部分作为成本，以后用来抵税，这种方法增加了成本，避免了部分所得税。
当然还是由港资公司交所得税，这是无法回避的，节省的只是项目公司交的部分。在取得税务局认可时，需要费一定周折，但有些上市公司用过此方法，说明某些地方税务机关也认可。
港资公司以所持的A公司100%股权出资，股权以评估价值为准，即按净资产公允价值1亿元，上市公司甲成立一个子公司A1以1000万元出资，合资成立壳公司N，其股权结构为：港资公司占9I%，A1公司占9%（见图1）（见附表）。而A公司也成为N公司的子公司。也即A公司以公允价值放入N公司。在以后操作中使得N公司吸收合并A，即A公司资产负债以公允价值进入N，A注销。此处操作要取得当地建委认可，即让A的土地资质等合法转移给N公司。
按上海市国有资产监督管理委员会对股权出资的解释：“公司股权出资的实质是投资人以股权公司股东的身份，将持有的股权公司的股权作为出资，投资于被投资公司并实施使投资人成为被投资公司股权持有人、被投资公司成为股权公司股权持有人的权利调整。”因此N公司为被投资公司，其成为注入公司A公司的新股东。
