在古代，统治者在其领地内对流通中的商品征税，是取得财政收入的一种最方便的手段和财源。近代国家出现后，关税成为国家税收中的一个单独税种，形成了近代关税。其后，又发展成为现代各国所通行的现代关税。
在我国，西周时期(约公元前11世纪至公元前771年)就在边境设立关卡(最初主要是为了防卫)。《周礼·地官》中有了“关市之征”的记载，春秋时期似后，诸侯割据，纷纷在各自领地边界设立关卡，“关市之征”的记载也多起来。关税从其本来意义上是对进出关卡的物品征税;市税是在领地内商品聚散集市上对进出集市的商品征税。征税的目的是“关市之赋以待王之膳服”。据《周礼·天官》记载，简朝中央征收九种赋税，关市税是其中一种，直接归王室使用，关和市是相提并论的。边界关卡之处也可能是商品的交换集市。关税和市税都是对商品在流通环节中征税。《管子·问篇》曾提到“征于关者勿征于市，征于市者勿征于关”，对同一商品不主张重复征税，以减轻商人负担。关市之征是我国关税雏形，我国的“关税”的名称也是由此演进而来的。
秦统一天下以后，汉唐各代疆界不断扩大。在陆地边境关口和沿海港口征税，具有了边境关税的性质。但我国古代对外贸易虽有陆上和海上“丝绸之路”的贸易往来，但较之欧洲各国，发展不快，数量不大。边境关卡征税不是其主要任务。而在国内关、津各卡征税以“供御府声色之费”，一直是官府收入的财源之一。如唐朝的“关市税”和明朝的“钞关税”主要是指在内地关卡征税。在沿海港口对进出港的货物征税，各朝代有不同的名称。如唐朝的“下碇税”、宋朝的“抽解”、明朝的“引税”、“船钞”等，由称为市舶司(使)的机关负责征税。到清朝康熙年间才在沿海设立粤、闽、浙、江四个“海关”，对进出口的货物征收船钞和货税。这时的关税概念仍包括内地关税和边境关税。直到鸦片战争后，受到西方国家的入侵，门户被迫开放，海关大权落入外人之手，尤其是英人一直统治着我国海关，引进了近代关税概念和关税制度，国境关税和内地关税才逐渐有所区别。到1931年取消了常关税、子口税、厘金税等国内税(转口税不久也取消)，此后，我国的关税就只指进口税和出口税。对进出国境的货物只在进出境时征收关税。
新中国成立后，我国真正取得了关税自主权。但在新中国成立初期，由于发达资本主义国家对我封锁禁运等一些历史原因，我国关税工作比较简单，关税不被重视。自20世纪80年代实施对外开放政策后，国际间的经济贸易往来大量增多，经济改革使关税的作用日益受到重视，国际间的关税协定的有关关税的事务日益繁多，关税制度不断改革和完善，逐步实现了现代化和国际化。
在国外，关税也是一种古老的税种，最早发生在欧洲。据《大英百科全书》对customs一词的来源解释，古时在商人进入市场交易时要向当地领主要交纳一种例行的、常规的入市税Customary Tolls，后来就把Customs和Customs Duty作为海关和关税的英文名称。
关税在英文中还有一个术语名称是Tariff。据传说，在地中海西口，距直布罗陀21英里处，古时有一个海盗盘踞的港口名叫塔利法(Tariffa)。当时，进出地中海的商船为了避免被抢劫，被迫向塔利法港口的海盗缴纳一笔买路费。以后Tariff就成为关税的另一通用名称，泛指关税、关税税则或关税制度等义。
配第在《赋税论》中说：“关税是对输入或输出君主领土的货物所课的一种捐税。”“我认为，关税最初是为了保护进出口的货物免遭海盗劫掠而送给君主的报酬。”
马克思、恩格斯在谈到关税的起源时也说：“关税起源于封建主对其领地上的过往客商所征收的捐税，客商缴了这种税款就可免遭抢劫。后来各城市也征收了这种捐税，在现代国家出现后，这种捐税便是国库进款的最方便的手段。”
封建社会自然经济占统治地位，商品生产和商品流通受封建制度的束缚，规模很小，发展缓慢，对外贸易比重很小，关税收入虽然有一定的财政收入作用(在当时来说也许数量不小)，均为官府享受。但由于关卡林立，重重征税，限制了对外贸易和国际交往，阻碍了社会生产力的进一步发展。
封建社会后期，出现了资本主义生产方式，新兴资产阶级为了发展资本主义生产和商品交换，便极力反对封建制度对商品生产的束缚，极力冲破封建特权所分割的国内市场，争取国内的自由贸易和商品的自由流通。当资产阶级掌握政权后，就废除了因封建割据而形成的关卡林立的内地关税，实行了统一的国境关税，进出国境的货物统一在边境口岸交纳一次关税，以后在同一国境内不再重征夫税。
英国资产阶级通过革命在1640年首先取得政权，成立了资产阶级掌权的近代国家，它立即开始实行了这种国境关税，废除了内地关税。法国于1660年开始废除内地关税，至1791年初才完全实行了国境关税。比利时、荷兰受法国影响相继使用统一的国境关税。其后，世界各国开始普遍实施。
统一的国境关税是针对封建割据的内地关税而言的。它是在封建社会解体和出现了资本主义近代国家后产生的，所以我们也称它为近代关税。它主要的特点就是专对进出国境的货物在进出国境时征税，进口后不再重复征收。而且近代国家一般不再把财政收入作为征收关税的主要目的，而是把关税作为执行国家经济政策的一个重要手段。
进入20世纪以后，尤其是近几十年来，科学技术迅速进步，社会生产力不断发展，国际贸易大量增多，国际间的经济斗争和国际间的经济分工与合作的形势复杂。为了减少关税对国际贸易和经济发展的障碍，自由港、自由区等大量出现，几个国家地区性的经济一体化、关税同盟的成立，成为国际新潮流。目前，国际上，国境关税与关境关税同时并存。
国外有人把关税的历史发展分为三个阶段。我国对关税发展的阶段划分，一般也接受这一观点。
第一阶段：使用费时代。因为使用了道路、桥梁、港口等设施得到了方便，货物和商人受到了保护，向领主交纳费用作为报偿。
第二阶段：国内关税时代。封建领主在各自的庄园或都市领域内征税，除了有使用费的意义外，也具有了强制性、无偿性的税收特征。关税的征收也从实物形式逐渐转变为货币形式。这时在一国境内征收的关税与对进出其国境货品征收的关税并存。
第三阶段：国境关税或关境关税时代。近代国家出现后，不再征收内地关税。关税具有了它自己的特性。它除了有财政收入的作用外，更重要的是成为执行国家经济政策的一种重要手段，用以调节、保护和发展本国的经济和生产。这一时期的关税仅以进出国境或关境的货品为课税对象。
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