规范地方政府对土地出让金的使用，是该《办法》的重点，而与建设用地有关的税费征收标准调整，因跟敏感的地价隐性成本挂钩，尤为被开发商所关注。
记者了解到，该《办法》要求，建设用地出让涉及的"两税一费"--城镇土地使用税、新增建设用地有偿使用费和耕地占用税的征收标准将进行调整。初步规定是城镇土地使用税提高两倍，新增建设用地有偿使用费和耕地占用税各提高一倍。
至于地方政府对土地出让金的收支，将采取在财政部系统(即国库)中设立"国有土地有偿使用专账"的方式，按照国有土地出让金收入的一定比例，建立"国有土地收益基金"，并规定地方政府不得作为当期收入安排使用。在这个过程中，土地出让金将全额纳入地方财政预算，实行"收支两条线"，并接受地方人大的监督。
《办法》草案中还提出，土地出让金总额的15％必须用于农地复垦和土地整理开发。此前的做法，是要求土地出让金增值部分的15％作此用途。
那位国土资源部人士告诉记者，刚刚完成的《办法》草案中，涉及到地方政府土地出让金收支规范那部分，可能还需要进一步完善，但"两税一费"征收的新标准不存在太大变动空间。
今年两会期间，国务院总理温家宝明确提出，应对现行土地出让金分配体制进行改革，要求向失地农民倾斜。随后，财政部和国土资源部分别向国务院上报了各自的方案，并由分管该项工作的国务院副总理曾培炎亲自审批。
不过，当时这两个主管部门的方案在"重新分配"的方式上存在根本冲突。国土部认为，地方政府的土地出让金须向中央集中，并在中央财政设立"地方土地收益基金"，自上而下进行管理。而财政部则希望纳入地方财政预算进行管理。双方一度争持不下。
这场争论持续近3个月，直至9月份全国国土工作"昆明会议"召开之前，曾培炎代表国务院最终拍板认可了财政部的方案。此前，争论双方只是在"土地出让金的3％用于廉租房建设"等相对次要的问题上取得妥协。"昆明会议"结束后，按国务院要求，在国土资源部配合下，财政部综合司主导起草该《办法》。
据悉，自今年年初以来，控制新增城镇建设用地规模，是国务院每月召开的常务办公会的主要议题之一。有国土资源部官员认为，中央调整土地出让金分配制度的本意，是控制各地建设用地增长过快的势头，迫使地方政府盘活存量土地。这也是"两税一费"上调的缘由。国务院政策研究室一位专家向记者印证了决策层这一思路。
中国城市经济学会副会长、土地专家刘维新告诉记者，目前我国"两费一税"的征收标准，还是上世纪90年代初制定的，不同城市的不同地块，"两税"每平方米分别只有0.5～10元和1～10元，建设用地使用成本明显偏低。
在方案酝酿过程中，曾有专家向国务院提出，如上调"两税一费"可能造成地价进一步上涨，建设用地增量若受到限制，土地市场供需关系也会失衡，同样将拉高地价。
对此，国务院研究后的结论是，"两税一费"发生在土地交易之后，而不是交易环节，不会直接造成地价上涨。至于供需关系，通过清理盘活城镇存量建设用地，完全可以平衡。
