然而，李某某认为，首先，政府征地为国家搞大型水利建设，是政府与被征地农户之间的事，只关系到国务院、省政府各有关文件精神，应当由行政主管部门介入，而不属于民事案件;其次，省政府〔2004〕51号文件指出，国家重点水利工程征地补偿标准由省政府物价局制订，龙口市政府无权制订补偿标准。芦头村委会起诉状说他以补偿标准低为由是不存在的，“我只要求按‘51号文件’办”。
龙口市法院审理后认为，此案是民事案件，属于法院受理的范围，依照民诉法、民法通则、土地管理法等的有关条款，于6月1日作出判决，全部支持了芦头村民委员会的诉讼请求。
一审败诉的李某某于6月10日向烟台市中级人民法院提出上诉。李某某认为，上诉人与被上诉人在土地承包合同问题上并无纠纷。作为上诉人的李某某在承包土地的范围内遇到国家征地，存在着补偿安置问题，这一问题不是民事诉讼解决的问题，应按照正常的土地征用程序进行，在补偿安置问题上达不成协议的应当由行政主管部门进行裁决，对裁决不服的可提起行政诉讼，如原行政裁决被法院判决予以维持，被拆迁人拒不履行的，可申请人民法院强制执行。但此案所涉及的地上果树及其它附着物等问题，是因为征地的补偿安置不落实，上诉人才不予清除，这根本就不是民事诉讼所解决的范围。李某某请求二审法院撤销一审判决。
然而，烟台市中级法院6月21日作出终审判决，驳回李某某的上诉，维持了龙口市法院的判决。
作为一桩诉求为“排除妨碍”的案件，审理已经结束，但围绕补偿款标准制订的是否合理等的争端却没有结束。
胶东地区引黄工程是南水北调这个大工程中的一个分支，是要将黄河之水通过水渠引到缺水的威海市，沿途涉及多个市、县、乡、镇、村。
龙口市引黄工程副指挥、市水利局的林局长告诉记者，引黄工程途经龙口市境内的长度为45.5公里，一般宽度在40米至50米之间，占地总面积达4000亩，涉及8个乡镇64个村近2500户农民。对占地补偿问题，林局长并不讳言，说这是一项难度很大的工作，大部分被占地农民还是积极配合政府工作的，签订协议领取补偿款后即拆除房屋设施、清理苗木等。但也有个别农户以补偿标准低为由，拒不签订拆迁补偿协议。林局长向记者提供了一份题目为《引黄工程线内部分上访户征迁情况》的材料，李某某就名列其中。
材料中列举了李某某家被征用的情况，32.2亩果园包括：原栽盛果期果树3328株，初果树899株，3年以上葡萄8株，苗圃0.02亩，新植果树4712株，补偿金额495662元;水池22立方米，砖石水井1眼，乔木1株，水泥地2.6平方米，房屋补偿11141元。本户合计补偿金额506803元，亩均15740元。
而李某某向记者提供的其被占土地内的果树数里与此有很大差异，李称其提供的数字是2004年由省引黄指挥部、龙口市水利局、镇政府、农户四方确认的。李提供的数字为：13年生梨树3565棵，2003年移栽11年生614棵;4年生桃树226棵，3年生436棵。这些都是盛果期的树，合在一起是4841棵。
原来，按果树栽培规定，每亩种果树是110棵至150棵，但政府不按规定和实际棵数，只按每亩60棵计算，由此出现了数量统计上的矛盾。然而李某某等人更大的不满是针对补偿标准，他认为龙口市制订的补偿标准有问题。
林局长向记者提供了一份龙口市物价局、财政局联合签署的“龙价发〔2005〕47号文件”，标题为《关于公布龙口市征用土地地面附着物补偿标准的通知》，它所依据的是省物价局、财政厅、国土厅《关于调整重用土地年产值和地面附着物补偿标准的批复》(鲁价费发〔1999〕314号)以及烟台市的有关规定。
在龙口市的标准通知中，记者看到，盛果期的果树每株的补偿额是200元，初果期是120元每株，幼龄期是30元每株，在备注中标明，幼龄、初果、盛果、衰劳期果树亩均上限为60株，61至120株部分，按1/4补偿;121至200株的部分，按每株2元补偿;超出201株的部分不予补偿。林局长解释说，“标准”里的备注内容，主要是为防止个别被占地户闻讯后“见缝插针”，趁机增加果树密度，捞取补偿款。龙口市引黄工程材料中对李某某家果树统计数字与其本人统计不一致的原因，记者推断可能就是这个“备注”闹的。
“龙口市制订的这个补偿标准依据的文件有问题，应依据省政府办公厅下发的‘51号文件’而不是‘314号文件’，再说，龙口市本身就没资格制订这样的标准。国家征地我们是支持的，只是对补偿标准有异议。占了我们农民的土地，补偿款这么低，今后我们种什么?农民没了地怎样生活?但是，龙口市自己制订的龙口市物价局、财政局‘47号文件’的补偿标准，强迫农民签订补偿合同，如不签，政府派人强行清除果树等地上物。”李某某等人这样告诉记者，并且提供了相关的文件。
李某某多次提及的“51号文件”，指的是2004年5月27日下发的《关于调整征地年产值和补偿标准的通知》(鲁政办发〔2004〕51号)，其中对制订标准的资格是这样限定的：地上附着物和青苗补偿标准，由设区的市政府制订，报省物价局、财政厅、国土资源厅同意后执行;国家、省重点交通、水利等大型基础设施建设项目重用土地补偿标准，由省物价会同财政、国土资源等部门制订。
按照“51号文件”的规定，龙口市是无权制订补偿标准的，因该市是县级市，下边不设区，只设乡镇，有权制订标准的应为烟台市，其下设区、县、市，龙口市隶属烟台市。
龙口市物价局对此的看法是，山东省政府办公厅下发的“51号文件”中指出，各地在新标准出台前，仍按省物价局、财政厅、国土厅《关于调整重用土地年产值和地面附着物补偿标准的批复》(鲁价费发〔1999〕314号)规定执行，所以依据该文件制订的“47号文件”是符合上级规定的，也是适用引黄工程的。
记者翻开“51号文件”，找到第五条，其全文是：本通知自2004年6月1日起执行，各地要在2004年12月底前确定并公布年产值和地上附着物补偿费标准。在新标准出台前，地上附着物补偿标准仍按省物价局、省财政厅《关于调整征用土地年产值和地面附着物补偿标准的批复》(鲁价费发??1999??314号)规定执行。
按照记者的理解，文件中的“新标准出台前”，应该是指2004年6月1日起执行“51号文件”，至2004年12月底前制订出新标准，这段时间最长不过7个月。烟台市是否根据省里的要求制订出了新标准?如果制订出来了龙口市缘何不适用?如果没制订，那么烟台市有关部门的不作为是不是便成了龙口市有关部门“越权作为”的理由?
可以讲，农民并不关心政策是如何制订的，他们只关心能否享受政策带来的实惠。李某某为什么主张要依照2004年出台的“51号文件”，因为它的主旨是要提高补偿标准;他为何反对龙口市制订的标准，因为它适用1999年出台的“314号文件”的标准，而且是“就低未取中不就高”，果树的盛果期、初果期的补偿标准分别是：200至400元/株、120至260/株，龙口市制订的补偿标准分别是200元和120元，可以说是“低得不能再低”了。
