土地增值税的清算时间根据以下情况确定：
（1）具备下列情形之一的，纳税人应自满足清算条件之日起９０日内办理清算手续。
（2）符合下列情形之一的，主管税务机关将要求纳税人进行土地增值税清算，纳税人应自接到清算通知之日起90天内办理清算手续。
①已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的。
③纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
房地产转让收入是指转让房地产取得的全部价款及其有关的经济收益，包括：货币收入、实物收入以及其他收入，在确认时应注意五点：
（1）已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
（2）对在销售时按县级以上人民政府规定代收的各项费用计入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入。代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，
（3）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：
①按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定。
②由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
（4）房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
（5）如果取得的是实物收入应按收入时的市场价格折算成货币收入；如果取得的是无形资产收入应按专门评估机构确认成货币收入；如果取得的是外国货币应按照取得收入的当天或当月1日国家公布的市场汇率折算成人民币收入。也就是说，计算土地增值税所使用的收入指标，需要将转让房地产取得的各种形式的收入按上述方法换算成人民币现金形式的收入。
房产开发企业土地增值税扣除项目的确定包括五项内容：
（1）取得土地使用权所支付的金额。包两部分：
①为取得土地使用权支付的地价款。其中：对政府出让的土地为支付的土地出让金；对以行政划拨方式取得的土地为按规定补交的土地出让金；对以转让方式取得的土地为向原土地使用权人实际支付的地价款。
②在取得土地使用权时按国家统一规定交纳的有关费用，如登记、过户手续费和契税等等。
（2）开发土地和新建房及配套设施的成本（简称房地产开发成本）。也就是开发房地产项目实际发生的成本，包括六部分：
①土地征用及拆迁补偿费。包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出，安置动迁用房支出等。与所得税不同的是还包括土地闲置费。
②前期工程费。包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
③建筑安装工程费。其中以出包方式开发的为支付给承包单位的建筑安装工程费；以自营方式开发的为自建工程发生的建筑安装工程费。
④基础设施费。包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
⑤公共配套设施费。指不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
⑥开发间接费用。指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。相当于工业生产企业的制造费用。
（3）开发土地和新建房及配套设施的费用（简称房地产开发费用）。指与房地产开发有关的销售费用、管理费用、财务费用。相当于一般企业的期间费用或者营业费用。
对开发费用的扣除，不是按实际发生额，而是按标准扣除，标准的选择取决于财务费用中的利息支出。分两种情况：
①对能够按转让房地产项目计算分摊利息支出，并能提供金融机构的贷款证明的。扣除金额为利息支出加上按上述取得土地使用权所支付的金额与房地产开发成本之和不超过5%的比例（具体由当地政府确定）计算扣除。
②对不能按转让房地产项目计算分摊利息支出，或不能提供金额金融机构贷款证明的，房地产开发费用按地价款和房地产开发成本金额之和不超过的10%（具体由当地政府确定）计算扣除。
不过，在具体确定时还应注意五点：
利息的上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除。
全部使用自有资金，没有利息支出的，按上述②的方法计算扣除。
房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用不能同时用上述两种方法计算扣除，只能选其中的一种方法。
土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
（4）与转让房地产有关的税金。包括在转让房地产时缴纳的营业税、城市建设维护维护建设税、印花税、教育费附加，即“三税一费”。房地产开发企业在转让时缴纳的印花税因已纳入管理费用，因此，在此只能扣除营业税、城市建设维护维护建设税和教育费附加，即扣除“两税一费”。
（5）财政部规定的其它扣除项目。
根据《土地增值税暂行条例实施细则》的规定，专门从事房地产开发的纳税人在计算土地增值税时，除扣除上述四个项目的扣除金额外，可以按取得土地使用权支付的金额＋房地产开发成本之和再加计20%的扣除金额，其他纳税人则不不允许。也就是说，加计20%扣除政策只适用于专门从事房地产开发、并已进行实质性开发的纳税人，对虽专门从事房地产开发但未进行实质性开发（未进行开发即转让）的纳税人只能扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用，以及转让环节缴纳的税金；对非专门从事房地产开发的纳税人，只能扣除上述前四个项目的金额。
不过，在扣除项目金额的确定上还应注意以下几点：
1、对在销售时按县级以上人民政府规定代收的各项费用计入房价向购买方一并收取的，在将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税后，实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数；代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，对实际支付的代收费用也不得在计算增值额时扣除。
2、按我国土地增值税管理的相关规定，房产开发企业在计算土地增值税时具有下列情况之一的，需要对扣除成本进行评估：
（3）提供扣除项目金额不实的；
（4）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。其计算公式为：
重置成本价＝交易实例房地产价格×实物状况因素修正×权益因素修正×区域因素修正×其他因素修正。
也就是说，房产开发企业转让新建房地产如果存在上述②、③、④三种情况之一的，需要对成本项目金额进行评估扣除。
3、房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金。质量保证金开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
5、契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
（1）房地产企业用建造的该项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按（国税发〔2006〕187号）第三条第（1）款规定确认收入（即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；或由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定），同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
（2）开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发〔2006〕187号第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
（3）货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
7、扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
8、与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通信等公共设施，按以下原则处理：
（1）建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除。
（2）建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除。
（3）建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
9、销售已装修的房屋的装修费用可以计入房地产开发成本。
10、房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
